seq1 = pF1KE6104.tfa, 393 bp
seq2 = pF1KE6104/gi568815597f_150172818.tfa (gi568815597f:150172818_150379735), 206918 bp

>pF1KE6104 393
>gi568815597f:150172818_150379735 (Chr1)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-130  (101270-101353)   100% ->
131-189  (102924-102982)   100% ->
190-300  (103705-103815)   100% ->
301-393  (106826-106918)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGTCCTCTTTGTAGCCATCTTTGCTGTGCCACTTATCCTGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGGATGTCCTCTTTGTAGCCATCTTTGCTGTGCCACTTATCCTGGGTA.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      GACAAGAATATGAGGATGAAGAAAGACTGGGAGAGGATGAATATT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..TAGGACAAGAATATGAGGATGAAGAAAGACTGGGAGAGGATGAATATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATCAGGTGGTCTATTATTATACAGTCACCCCCAGTTATG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101315 ATCAGGTGGTCTATTATTATACAGTCACCCCCAGTTATGGTG...CAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GACTTTAGTGCAGATTTCACCATTGATTACTCCATATTTGAGTCAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102926 GACTTTAGTGCAGATTTCACCATTGATTACTCCATATTTGAGTCAGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGGCTG         AACAGGTTGGATAAGGACATAACAGAAGCAATAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102976 CAGGCTGGTG...TAGAACAGGTTGGATAAGGACATAACAGAAGCAATAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGACTACCATTAGTCTTGAAACAGCACGTGCAGACCATCCGAAGCCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103739 AGACTACCATTAGTCTTGAAACAGCACGTGCAGACCATCCGAAGCCTGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACTGTGAAACCAGTAACAACGGAACCT         AGTCCAGATCTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103789 ACTGTGAAACCAGTAACAACGGAACCTGTG...CAGAGTCCAGATCTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CGATGCCGTGTCCAGTTTGCGAAGTCCTATTCCCCTCCTCCTGTCGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106840 CGATGCCGTGTCCAGTTTGCGAAGTCCTATTCCCCTCCTCCTGTCGTGTG

    400     .    :    .    :    .
    365 CCTTTGTTCAGGTGGGGATGTATTTCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 106890 CCTTTGTTCAGGTGGGGATGTATTTCATG