seq1 = pF1KE6103.tfa, 405 bp
seq2 = pF1KE6103/gi568815594f_102769085.tfa (gi568815594f:102769085_102987427), 218343 bp

>pF1KE6103 405
>gi568815594f:102769085_102987427 (Chr4)

1-103  (100001-100103)   100% ->
104-318  (116132-116346)   100% ->
319-405  (118257-118343)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCTGGAGAGCGTGGCCCGTATCGTGAAGGTGCAGCTCCCTGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCTGGAGAGCGTGGCCCGTATCGTGAAGGTGCAGCTCCCTGCATA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGAAGCGGCTCCCAGTCCCTGAAAGCATTACCGGGTTCGCTAGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGAAGCGGCTCCCAGTCCCTGAAAGCATTACCGGGTTCGCTAGGCTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAG         TTTCAGAATGGCTTCGGTTATTGCCTTTCCTTGGTGTA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGGTA...TAGTTTCAGAATGGCTTCGGTTATTGCCTTTCCTTGGTGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCGCACTTCTTGGCTACCTTGCAGTTCGTCCATTCCTCCCGAAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116170 CTCGCACTTCTTGGCTACCTTGCAGTTCGTCCATTCCTCCCGAAGAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAACAGAAGGATAGCTTGATTAATCTTAAAATACAAAAGGAAAATCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116220 ACAACAGAAGGATAGCTTGATTAATCTTAAAATACAAAAGGAAAATCCGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGTAGTGAATGAAATAAACATTGAAGATTTGTGTCTTACTAAAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116270 AAGTAGTGAATGAAATAAACATTGAAGATTTGTGTCTTACTAAAGCAGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TATTGTAGGTGTTGGCGTTCTAAAACG         TTTCCTGCCTGCGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 116320 TATTGTAGGTGTTGGCGTTCTAAAACGGTA...TAGTTTCCTGCCTGCGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGTTCACATAATAAACACAATGAATTGACAGGAGATAATGTGGGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118271 TGGTTCACATAATAAACACAATGAATTGACAGGAGATAATGTGGGTCCAC

    400     .    :    .    :
    383 TAATACTGAAGAAGAAAGAAGTA
        |||||||||||||||||||||||
 118321 TAATACTGAAGAAGAAAGAAGTA