seq1 = pF1KE6090.tfa, 975 bp
seq2 = pF1KE6090/gi568815587r_4958653.tfa (gi568815587r:4958653_5159627), 200975 bp

>pF1KE6090 975
>gi568815587r:4958653_5159627 (Chr11)

(complement)

1-975  (100001-100975)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCCTTCCCAATGACACCCAGTTTCACCCCTCCTCCTTCCTGTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCCTTCCCAATGACACCCAGTTTCACCCCTCCTCCTTCCTGTTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGATCCCAGGACTAGAAACACTTCACATCTGGATCGGCTTTCCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGATCCCAGGACTAGAAACACTTCACATCTGGATCGGCTTTCCCTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGCTGTGTACATGATCGCACTCATAGGGAACTTCACTATTCTACTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTGCTGTGTACATGATCGCACTCATAGGGAACTTCACTATTCTACTTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCAAGACTGACAGCAGCCTACACCAGCCCATGTTCTACTTCCTGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCAAGACTGACAGCAGCCTACACCAGCCCATGTTCTACTTCCTGGCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTTGGCCACCACTGATGTGGGTCTCTCAACAGCTACCATCCCTAAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTTGGCCACCACTGATGTGGGTCTCTCAACAGCTACCATCCCTAAGATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGGAATCTTCTGGATCAACCTCAGAGGGATCATCTTTGAAGCCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGGAATCTTCTGGATCAACCTCAGAGGGATCATCTTTGAAGCCTGCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACCCAGATGTTTTTTATCCACAACTTCACACTTATGGAGTCAGCAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACCCAGATGTTTTTTATCCACAACTTCACACTTATGGAGTCAGCAGTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGTGGCAATGGCTTATGACAGCTATGTGGCCATCTGCAATCCACTCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGTGGCAATGGCTTATGACAGCTATGTGGCCATCTGCAATCCACTCCAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATAGCGCCATCCTCACCAACAAGGTTGTTTCTGTGATTGGTCTTGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATAGCGCCATCCTCACCAACAAGGTTGTTTCTGTGATTGGTCTTGGTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTTGTGAGGGCTTTAATTTTCGTCATTCCCTCTATACTTCTTATATTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100451 TTTGTGAGGGCTTTAATTTTCGTCATTCCCTCTATACTTCTTATATTGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GTTGCCCTTCTGTGGGAATCATGTAATTCCCCACACCTACTGTGAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GTTGCCCTTCTGTGGGAATCATGTAATTCCCCACACCTACTGTGAGCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGGTCTTGCTCATCTATCTTGTGCCAGCATCAAAATCAATATTATTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGGTCTTGCTCATCTATCTTGTGCCAGCATCAAAATCAATATTATTTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGTTTATGTGCCATTTGTAATCTAGTGTTTGACATCACAGTCATTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGTTTATGTGCCATTTGTAATCTAGTGTTTGACATCACAGTCATTGCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTCTTATGTGCATATTCTTTGTGCTGTTTTCCGTCTTCCTACTCATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTCTTATGTGCATATTCTTTGTGCTGTTTTCCGTCTTCCTACTCATGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCCGACTCAAGTCCCTCAGCACATGTGGTTCACATGTGTGTGTAATCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCCGACTCAAGTCCCTCAGCACATGTGGTTCACATGTGTGTGTAATCCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCCTTCTATACACCAGCCCTCTTTTCCTTTATGACTCATCGCTTTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCCTTCTATACACCAGCCCTCTTTTCCTTTATGACTCATCGCTTTGGCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AAATGTGCCCCGCTATATCCATATACTCCTAGCCAATCTCTATGTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AAATGTGCCCCGCTATATCCATATACTCCTAGCCAATCTCTATGTTGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCCACCAATGCTCAATCCTGTCATATATGGAGTCAGAACCAAGCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCCACCAATGCTCAATCCTGTCATATATGGAGTCAGAACCAAGCAGATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TATAAATGTGTAAAGAAAATATTATTGCAGGAACAAGGAATGGAAAAGGA
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TATAAATGTGTGAAGAAAATATTATTGCAGGAACAAGGAATGGAAAAGGA

    950     .    :    .    :    .
    951 AGAGTACCTAATACATACGAGGTTC
        |||||||||||||||||||||||||
 100951 AGAGTACCTAATACATACGAGGTTC