seq1 = pF1KE6085.tfa, 972 bp
seq2 = pF1KE6085/gi568815587f_4539791.tfa (gi568815587f:4539791_4740762), 200972 bp

>pF1KE6085 972
>gi568815587f:4539791_4740762 (Chr11)

1-972  (100001-100972)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGAAGCCCCAGCTCTTGGTCCCTATCATAGCCACTTCAAATGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGAAGCCCCAGCTCTTGGTCCCTATCATAGCCACTTCAAATGGAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGGTCCACGCAGCATACTTCCTTTTGGTGGGTATCCCTGGCCTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGGTCCACGCAGCATACTTCCTTTTGGTGGGTATCCCTGGCCTGGGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTACCATACACTTTTGGCTGGCTTTCCCACTGTGTTTTATGTATGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTACCATACACTTTTGGCTGGCTTTCCCACTGTGTTTTATGTATGCCTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCACCCTGGGTAACCTGACCATTGTCCTCATCATTCGTGTGGAGAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCACCCTGGGTAACCTGACCATTGTCCTCATCATTCGTGTGGAGAGGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACTGCATGAGCCCATGTACCTCTTCCTGGCCATGCTTTCCACTATTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACTGCATGAGCCCATGTACCTCTTCCTGGCCATGCTTTCCACTATTGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAGTCCTCTCCTCTATCACCATGCCCAAGATGGCCAGTCTTTTCCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TAGTCCTCTCCTCTATCACCATGCCCAAGATGGCCAGTCTTTTCCTGATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCATCCAGGAGATCGAGTTCAACATTTGCCTGGCCCAGATGTTCCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCATCCAGGAGATCGAGTTCAACATTTGCCTGGCCCAGATGTTCCTTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCATGCTCTGTCAGCCGTGGAGTCAGCTGTCCTGCTGGCCATGGCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCATGCTCTGTCAGCCGTGGAGTCAGCTGTCCTGCTGGCCATGGCTTTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCGCTTTGTGGCCATTTGCCACCCATTGCGCCATGCTTCTGTGCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCGCTTTGTGGCCATTTGCCACCCATTGCGCCATGCTTCTGTGCTGACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGGTGTACTGTGGCCAAGATTGGACTATCTGCCCTGACCAGGGGGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGGTGTACTGTGGCCAAGATTGGACTATCTGCCCTGACCAGGGGGTTTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ATTCTTCTTCCCACTGCCCTTCATCCTCAAGTGGTTGTCCTACTGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ATTCTTCTTCCCACTGCCCTTCATCCTCAAGTGGTTGTCCTACTGCCAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CACATACTGTCACACACTCCTTCTGTCTGCACCAAGATATTATGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CACATACTGTCACACACTCCTTCTGTCTGCACCAAGATATTATGAAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCCTGTACTGACACCAGGGTCAATGTGGTTTATGGACTCTTCATCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCCTGTACTGACACCAGGGTCAATGTGGTTTATGGACTCTTCATCATCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTCAGTCATGGGTGTGGACTCTCTCTTCATTGGCTTCTCATATATCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTCAGTCATGGGTGTGGACTCTCTCTTCATTGGCTTCTCATATATCCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCCTGTGGGCTGTTTTGGAGCTGTCCTCTCGGAGGGCAGCACTCAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCCTGTGGGCTGTTTTGGAGCTGTCCTCTCGGAGGGCAGCACTCAAGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCAACACCTGCATCTCCCACCTCTGTGCTGTTCTGGTCTTCTATGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCAACACCTGCATCTCCCACCTCTGTGCTGTTCTGGTCTTCTATGTACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCTCATTGGGCTCTCGGTGGTGCATAGGCTGGGTGGTCCCACCTCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCTCATTGGGCTCTCGGTGGTGCATAGGCTGGGTGGTCCCACCTCCCTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCCATGTGGTTATGGCTAATACCTACTTGCTGCTACCACCTGTAGTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCCATGTGGTTATGGCTAATACCTACTTGCTGCTACCACCTGTAGTCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CCCCTTGTCTATGGAGCCAAGACCAAAGAGATCTGTTCAAGGGTCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CCCCTTGTCTATGGAGCCAAGACCAAAGAGATCTGTTCAAGGGTCCTCTG

    950     .    :    .    :
    951 TATGTTCTCACAAGGTGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||
 100951 TATGTTCTCACAAGGTGGCAAG