seq1 = pF1KE6083.tfa, 972 bp
seq2 = pF1KE6083/gi568815587f_5636517.tfa (gi568815587f:5636517_5837488), 200972 bp

>pF1KE6083 972
>gi568815587f:5636517_5837488 (Chr11)

1-972  (100001-100972)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCATATGTCTGCATCTCTCAAAATCTCCAATAGCTCCAAATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATCATATGTCTGCATCTCTCAAAATCTCCAATAGCTCCAAATTCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTCTCTGAGTTCATCCTGCTGGGATTCCCGGGCATTCACAGCTGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTCTCTGAGTTCATCCTGCTGGGATTCCCGGGCATTCACAGCTGGCAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTGGCTATCTCTGCCCCTGGCACTACTGTATCTCTCAGCACTTGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTGGCTATCTCTGCCCCTGGCACTACTGTATCTCTCAGCACTTGCTGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACACCCTCATCCTCATCATCATCTGGCAGAACCCTTCTTTACAGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AACACCCTCATCCTCATCATCATCTGGCAGAACCCTTCTTTACAGCAGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATGTATATTTTCCTTGGCATCCTCTGTATGGTAGACATGGGTCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATGTATATTTTCCTTGGCATCCTCTGTATGGTAGACATGGGTCTGGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTACTATCATCCCTAAGATCCTGGCCATCTTCTGGTTTGATGCCAAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTACTATCATCCCTAAGATCCTGGCCATCTTCTGGTTTGATGCCAAGGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATTAGCCTCCCTGAGCGCTTTGCTCAGATTTATGCCATTCACTTCTTTGT
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATTAGCCTCCCTGAGTGCTTTGCTCAGATTTATGCCATTCACTTCTTTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGGCATGGAGTCTGGTATCCTCCTCTGCATGGCTTTTGATAGATATGTGG
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGGCATGGAGTCTGGTATCCTACTCTGCATGGCTTTTGATAGATATGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTATTTGTCACCCTCTTCGCTATCCATCAATTGTCACCAGTTCCTTAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTATTTGTCACCCTCTTCGCTATCCATCAATTGTCACCAGTTCCTTAATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTAAAAGCTACCCTGTTCATGGTGCTGAGAAATGGCTTATTTGTCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTAAAAGCTACCCTGTTCATGGTGCTGAGAAATGGCTTATTTGTCACTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGTGCCTGTGCTTGCAGCACAGCGTGATTATTGCTCCAAGAATGAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGTGCCTGTGCTTGCAGCACAGCGTGATTATTGCTCCAAGAATGAAATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AACACTGCCTGTGCTCTAACCTTGGGGTCACAAGCCTGGCTTGTGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AACACTGCCTGTGCTCTAACCTTGGGGTCACAAGCCTGGCTTGTGATGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGGAGGCCAAACAGCATTTGCCAGTTGGTTCTGGCATGGCTTGGAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGGAGGCCAAACAGCATTTGCCAGTTGGTTCTGGCATGGCTTGGAATGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GAGTGATCTAAGTCTTATTATACTGTCATATATTTTGATTCTGTACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GAGTGATCTAAGTCTTATTATACTGTCATATATTTTGATTCTGTACTCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TACTTAGACTGAACTCAGCTGAAGCTGCAGCCAAGGCCCTGAGCACTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TACTTAGACTGAACTCAGCTGAAGCTGCAGCCAAGGCCCTGAGCACTTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGTTCACATCTCACCCTCATCCTTTTCTTTTACACTATTGTTGTAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGTTCACATCTCACCCTCATCCTTTTCTTTTACACTATTGTTGTAGTGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTCAGTGACTCATCTGACAGAGATGAAGGCTACTTTGATTCCAGTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TTCAGTGACTCATCTGACAGAGATGAAGGCTACTTTGATTCCAGTTCTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTAATGTGTTGCACAACATCATCCCCCCTTCCCTCAACCCTACAGTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTAATGTGTTGCACAACATCATCCCCCCTTCCCTCAACCCTACAGTTTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCACTTCAGACCAAAGAACTTAGGGCAGCCTTCCAAAAGGTGCTGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCACTTCAGACCAAAGAACTTAGGGCAGCCTTCCAAAAGGTGCTGTTTGC

    950     .    :    .    :
    951 CCTTACAAAAGAAATAAGATCT
        ||||||||||||||||||||||
 100951 CCTTACAAAAGAAATAAGATCT