seq1 = pF1KE6072.tfa, 963 bp
seq2 = pF1KE6072/gi568815595f_98290666.tfa (gi568815595f:98290666_98491628), 200963 bp

>pF1KE6072 963
>gi568815595f:98290666_98491628 (Chr3)

1-963  (100001-100963)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATAAGGAGAATCACTCCTTGATAGCTGAGTTCATCCTCACAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATAAGGAGAATCACTCCTTGATAGCTGAGTTCATCCTCACAGGATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACATATCATCCAAAGCTGAAGACTGTTCTGTTTGTGGTGTTCTTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TACATATCATCCAAAGCTGAAGACTGTTCTGTTTGTGGTGTTCTTTGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTATCTGATCACCATGGTGGGGAACATTGGTTTGGTGGCATTGATTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTATCTGATCACCATGGTGGGGAACATTGGTTTGGTGGCATTGATTTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATAGAGCAACGTCTTCACACACCAATGTACATATTTTTAGGCAACCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATAGAGCAACGTCTTCACACACCAATGTACATATTTTTAGGCAACCTAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCTGATGGATTCCTGCTGTTCCTCTGCTATTACTCCCAAGATGTTAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCTGATGGATTCCTGCTGTTCCTCTGCTATTACTCCCAAGATGTTAGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTTCTTTTCTGAGGACAAAAGGATTACCCTGTATGAATGTATGGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACTTCTTTTCTGAGGACAAAAGGATTACCCTGTATGAATGTATGGCACAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTTATTTTCTCTGTCTTGCTGAAACTACAGACTGCTTTCTTCTGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTTATTTTCTCTGTCTTGCTGAAACTACAGACTGCTTTCTTCTGGCGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AATGGCCTATGACTGCTATGTGGCCATATGCAACCCACTGCAGTACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AATGGCCTATGACTGCTATGTGGCCATATGCAACCCACTGCAGTACCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATGATGTCCAAGACACTCTGCATTCAGATGACTGCAGGAGCCTACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCATGATGTCCAAGACACTCTGCATTCAGATGACTGCAGGAGCCTACCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCTGGCAACCTGCATCCCATGATTGAAGTAGAGTTTCTGTTGAGGTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCTGGCAACCTGCATCCCATGATTGAAGTAGAGTTTCTGTTGAGGTTAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTTCTGTGGGTCTCATCAAATCAATCATTTTTTCTGTGATGTTCTTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTTCTGTGGGTCTCATCAAATCAATCATTTTTTCTGTGATGTTCTTCCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TATATAGACTTTCTTGTATTAACCCTTATATCAATGAATTGGTGTTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TATATAGACTTTCTTGTATTAACCCTTATATCAATGAATTGGTGTTATTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATCTTGGCAGGATCAATTCAAATCTTTACTATAGTCTTAGTTTCTTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATCTTGGCAGGATCAATTCAAATCTTTACTATAGTCTTAGTTTCTTATTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTACATCCTTTTCACAATATTTACAATGAAATCCAAGGAGGGAAGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTACATCCTTTTCACAATATTTACAATGAAATCCAAGGAGGGAAGAGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AAGCTTTATCTACTTGTGCATCTCACTTTCTCTCTGTGTCAATATTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAGCTTTATCTACTTGTGCATCTCACTTTCTCTCTGTGTCAATATTCTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GATTCCCTTCTCTTCATGTATGCTCGACCAGGTGCAGTTAATGAAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GATTCCCTTCTCTTCATGTATGCTCGACCAGGTGCAGTTAATGAAGGGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TAAAGATATACCTGTTGCTATATTTTATACTTTAGTTATTCCTTTATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TAAAGATATACCTGTTGCTATATTTTATACTTTAGTTATTCCTTTATTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATCCTTTTATTTATAGCCTAAGAAATAAGGAAGTAATAAATATTATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATCCTTTTATTTATAGCCTAAGAAATAAGGAAGTAATAAATATTATGAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AAAATTATGAAGAAGAGAAAATTTTGTCACATTCTGAAACAAATGTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AAAATTATGAAGAAGAGAAAATTTTGTCACATTCTGAAACAAATGTCATC

    950     .    :
    951 CCCTCTGGCAACT
        |||||||||||||
 100951 CCCTCTGGCAACT