seq1 = pF1KE6071.tfa, 963 bp
seq2 = pF1KE6071/gi568815595f_98253854.tfa (gi568815595f:98253854_98454816), 200963 bp

>pF1KE6071 963
>gi568815595f:98253854_98454816 (Chr3)

1-963  (100001-100963)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTAGGGAAAATCACTCCTTAGCAGCTGAATTCATCCTCATAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTAGGGAAAATCACTCCTTAGCAGCTGAATTCATCCTCATAGGATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACAAATTATCCAGAGCTGAAGACGCTTCTGTTTGTGGTGTTCTCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TACAAATTATCCAGAGCTGAAGACGCTTCTGTTTGTGGTGTTCTCTGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTATCTGGTCACCATGGTGGGGAATCTTGGTCTGGTGGCATTAATTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTATCTGGTCACCATGGTGGGGAATCTTGGTCTGGTGGCATTAATTTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTAGAGCGTCGTCTTCTCACACCAATGTACATCTTTCTGGGCAACCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTAGAGCGTCGTCTTCTCACACCAATGTACATCTTTCTGGGCAACCTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCTGATGGATTCCTGCTGTTCCTGTGCTGTTACCCCCAAGATGTTAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCTGATGGATTCCTGCTGTTCCTGTGCTGTTACCCCCAAGATGTTAGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATTTCTTTTCTGAGGATAGAATTATTTCCCTGTATGAATGTATGGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATTTCTTTTCTGAGGATAGAATTATTTCCCTGTATGAATGTATGGCACAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTTATTTTCTCTGTCTTGCTGAAACCACAGACTGCTTTCTTCTGGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTTATTTTCTCTGTCTTGCTGAAACCACAGACTGCTTTCTTCTGGCGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AATGGCCTATGACCGCTATGTGGCCATATGCCACCCACTGCAGTACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AATGGCCTATGACCGCTATGTGGCCATATGCCACCCACTGCAGTACCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATGATGTCCAAGACGCTCTGCATTCGGATGACCACAGGGGCCTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCATGATGTCCAAGACGCTCTGCATTCGGATGACCACAGGGGCCTTCAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCTGGAAACCTGCATTCCATGATTCATGTAGGGCTTTTATTAAGGTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCTGGAAACCTGCATTCCATGATTCATGTAGGGCTTTTATTAAGGTTAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTTCTGCAGGTCTAATAAAATTCACCACTTTTTCTGTGATATTCTTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTTCTGCAGGTCTAATAAAATTCACCACTTTTTCTGTGATATTCTTCCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGTATAGACTCTCCTGTACAGATCCTTCTATTAATGAACTAATGATATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGTATAGACTCTCCTGTACAGATCCTTCTATTAATGAACTAATGATATAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATCTTTTCAATACCAATTCAAATCTTTACCATTGCTACTGTCTTGATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATCTTTTCAATACCAATTCAAATCTTTACCATTGCTACTGTCTTGATCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTATCTCTGCATCCTTTTGACTGTTTTCAAAATGAAATCCAAGGAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTATCTCTGCATCCTTTTGACTGTTTTCAAAATGAAATCCAAGGAGGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GAGGTAAAGCATTTTCTACCTGTGCATCCCACTTTCTCTCTGTCTCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GAGGTAAAGCATTTTCTACCTGTGCATCCCACTTTCTCTCTGTCTCAATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTTACATTTGTCTTCTCATGTATATTGGACCATCTGAAGAAGGAGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTTTACATTTGTCTTCTCATGTATATTGGACCATCTGAAGAAGGAGATAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGATACACCAGTGGCAATATTTTATGCAATAGTAATCCCATTACTAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGATACACCAGTGGCAATATTTTATGCAATAGTAATCCCATTACTAAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTTTTATTTATAGTCTGAGAAATAAGGAGGTCATAAATGTTCTTAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTTTTATTTATAGTCTGAGAAATAAGGAGGTCATAAATGTTCTTAAAAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATTATGAGGAATTATAACATTCTTAAACAAACTTGCTCTATAGCAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATTATGAGGAATTATAACATTCTTAAACAAACTTGCTCTATAGCAAATTT

    950     .    :
    951 ATTTTTAATTTAT
        |||||||||||||
 100951 ATTTTTAATTTAT