seq1 = pF1KE6069.tfa, 963 bp
seq2 = pF1KE6069/gi568815587f_5654741.tfa (gi568815587f:5654741_5855703), 200963 bp

>pF1KE6069 963
>gi568815587f:5654741_5855703 (Chr11)

1-963  (100001-100963)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTAACACTGAATAAAACAGACCTAATACCAGCTTCATTTATTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTAACACTGAATAAAACAGACCTAATACCAGCTTCATTTATTCTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGAGTCCCAGGACTGGAAGACACACAACTCTGGATTTCCTTCCCATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGAGTCCCAGGACTGGAAGACACACAACTCTGGATTTCCTTCCCATTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTCTATGTATGTTGTGGCTATGGTAGGGAATTGTGGACTCCTCTACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTCTATGTATGTTGTGGCTATGGTAGGGAATTGTGGACTCCTCTACCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTCACTATGAGGATGCCCTGCACAAACCCATGTACTACTTCTTGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATTCACTATGAGGATGCCCTGCACAAACCCATGTACTACTTCTTGGCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTTTCCTTTACTGACCTTGTTATGTGCTCTAGTACAATCCCTAAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTTTCCTTTACTGACCTTGTTATGTGCTCTAGTACAATCCCTAAAGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTGCATCTTCTGGTTTCATCTCAAGGACATTGGATTTGATGAATGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTGCATCTTCTGGTTTCATCTCAAGGACATTGGATTTGATGAATGCCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTCCAGATGTTCTTCATCCACACCTTCACAGGGATGGAGTCTGGGGTGCT
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTCCAGATGTTCTTCACCCACACCTTCACAGGGATGGAGTCTGGGGTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TATGCTTATGGCCCTGGATCGCTATGTGGCCATCTGCTACCCCTTACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TATGCTTATGGCCCTGGATCGCTATGTGGCCATCTGCTACCCCTTACGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATTCAACTATCCTCACCAATCCTGTAATTGCAAAGGTTGGGACTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATTCAACTATCCTCACCAATCCTGTAATTGCAAAGGTTGGGACTGCCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCCTGAGAGGGGTATTACTCATTATTCCCTTTACTTTCCTCACCAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100451 TTCCTGAGAGGGGTATTACTCATTATTCCCTTTACTTTCCTCACCAAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCTGCCCTACTGCAGAGGCAATATACTTCCCCATACCTACTGTGACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCTGCCCTACTGCAGAGGCAATATACTTCCCCATACCTACTGTGACCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGTCTGTAGCCAAATTGTCCTGTGGTAATGTCAAGGTCAATGCCATCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGTCTGTAGCCAAATTGTCCTGTGGTAATGTCAAGGTCAATGCCATCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGTCTGATGGTTGCCCTCCTGATTTGGGGCTTTGACATACTGTGTATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGTCTGATGGTTGCCCTCCTGATTTGGGGCTTTGACATACTGTGTATCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATCTCCTATACCATGATTCTCCGGGCAGTGGTCAGCCTCTCCTCAGCAG
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CAACTCCTATACCATGATTCTCCGGGCAGTGGTCAGCCTCTCCTCAGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATGCTCGGCAGAAGGCCTTTAATACCTGCACTGCCCACATTTGTGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATGCTCGGCAGAAGGCCTTTAATACCTGCACTGCCCACATTTGTGCCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTTTTCTCCTATACTCCAGCTTTCTTCTCCTTCTTTTCCCACCGCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTTTTCTCCTATACTCCAGCTTTCTTCTCCTTCTTTTCCCACCGCTTTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGAACACATAATCCCCCCTTCTTGCCACATCATTGTAGCCAATATTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGAACACATAATCCCCCCTTCTTGCCACATCATTGTAGCCAATATTTATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCTCCTACCACCCACTATGAACCCTATTGTCTATGGGGTGAAAACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCTCCTACCACCCACTATGAACCCTATTGTCTATGGGGTGAAAACCAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CAGATACGAGACTGTGTCATAAGGATCCTTTCAGGTTCTAAGGATACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CAGATACGAGACTGTGTCATAAGGATCCTTTCAGGTTCTAAGGATACCAA

    950     .    :
    951 ATCCTACAGCATG
        |||||||||||||
 100951 ATCCTACAGCATG