seq1 = pF1KE6068.tfa, 963 bp
seq2 = pF1KE6068/gi568815587f_5720336.tfa (gi568815587f:5720336_5921298), 200963 bp

>pF1KE6068 963
>gi568815587f:5720336_5921298 (Chr11)

1-963  (100001-100963)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGGGGACAACAGCTCCAGCCTGACCCCAGGATTCTTTATCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGGGGACAACAGCTCCAGCCTGACCCCAGGATTCTTTATCTTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCGTTCCTGGGCTGGAAGCCACACACATCTGGATCTCCCTGCCATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGCGTTCCTGGGCTGGAAGCCACACACATCTGGATCTCCCTGCCATTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTTTATGTACATCATTGCTGTCGTGGGGAACTGTGGGCTCATCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTTTATGTACATCATTGCTGTCGTGGGGAACTGTGGGCTCATCTGCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCAGCCATGAGGAGGCCCTGCACCGGCCCATGTACTACTTCCTGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCAGCCATGAGGAGGCCCTGCACCGGCCCATGTACTACTTCCTGGCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTCTCCTTCACTGATGTCACCTTGTGCACCACCATGGTACCTAATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTCTCCTTCACTGATGTCACCTTGTGCACCACCATGGTACCTAATATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTGCATATTCTGGTTCAACCTCAAGGAGATTGACTTTAATGCCTGCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100251 TGTGCATATTCTGGTTCAACCTCAAGGAGATTGACTTTAACGCCTGCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCCAGATGTTTTTTGTCCATATGCTGACAGGGATGGAGTCTGGGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCCCAGATGTTTTTTGTCCATATGCTGACAGGGATGGAGTCTGGGGTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGCTCATGGCCCTGGACCGCTATGTGGCCATCTGCTACCCCTTACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATGCTCATGGCCCTGGACCGCTATGTGGCCATCTGCTACCCCTTACGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATGCCACCATCCTTACCAACCCTGTCATCGCCAAGGCTGGTCTTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATGCCACCATCCTTACCAACCCTGTCATCGCCAAGGCTGGTCTTGCCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCTTGAGGAATGTGATGCTCATCATCCCATTCACTCTCCTCACCAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCTTGAGGAATGTGATGCTCATCATCCCATTCACTCTCCTCACCAAGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCTGCCCTATTGCCGGGGGAACTTCATCCCCCACACCTACTGTGACCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCTGCCCTATTGCCGGGGGAACTTCATCCCCCACACCTACTGTGACCATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGTCTGTGGCCAAGGTATCCTGTGGCAATTTCAAGGTCAATGCTATTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGTCTGTGGCCAAGGTATCCTGTGGCAATTTCAAGGTCAATGCTATTTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGTCTGATGGTTGCTCTCCTGATTGGTGTGTTTGATATCTGCTGTATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGTCTGATGGTTGCTCTCCTGATTGGTGTGTTTGATATCTGCTGTATCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGTATCTTACACTATGATTTTGCAGGCTGTTATGAGCCTGTCATCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGTATCTTACACTATGATTTTGCAGGCTGTTATGAGCCTGTCATCAGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATGCTCGTCACAAAGCCTTCAGCACCTGCACATCTCACATGTGTTCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATGCTCGTCACAAAGCCTTCAGCACCTGCACATCTCACATGTGTTCCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTGATCACCTATGTTGCTGCTTTTTTCACTTTTTTCACTCATCGTTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTGATCACCTATGTTGCTGCTTTTTTCACTTTTTTCACTCATCGTTTTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGGACACAATATCCCAAACCACATACACATCATCGTGGCCAACCTTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGGACACAATATCCCAAACCACATACACATCATCGTGGCCAACCTTTATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCTACTGCCTCCTACCATGAACCCAATTGTTTATGGAGTCAAGACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCTACTGCCTCCTACCATGAACCCAATTGTTTATGGAGTCAAGACCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CAGATTCAGGAAGGTGTAATTAAATTTTTACTTGGAGACAAGGTTAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CAGATTCAGGAAGGTGTAATTAAATTTTTACTTGGAGACAAGGTTAGTTT

    950     .    :
    951 TACCTATGACAAA
        |||||||||||||
 100951 TACCTATGACAAA