seq1 = pF1KE6067.tfa, 963 bp
seq2 = pF1KE6067/gi568815581f_3320568.tfa (gi568815581f:3320568_3521530), 200963 bp

>pF1KE6067 963
>gi568815581f:3320568_3521530 (Chr17)

1-963  (100001-100963)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTTACAGAAACTCATGGAGCCAGAAGCTGGGACCAATAGGACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCTTACAGAAACTCATGGAGCCAGAAGCTGGGACCAATAGGACCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTTGCTGAGTTCATTCTACTGGGCCTAGTGCAAACAGAAGAGATGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTTGCTGAGTTCATTCTACTGGGCCTAGTGCAAACAGAAGAGATGCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGTTGTCTTTGTGCTCCTCCTCTTTGCCTATCTGGTCACAATTGGGGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 100101 CAGTTGTCTTTGTGCTCCTCCTCTTTGCCTATCTGGTCACAACTGGGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACCTCAGCATCCTGGCAGCCGTCTTGGTGGAGCCCAAACTCCACGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AACCTCAGCATCCTGGCAGCCGTCTTGGTGGAGCCCAAACTCCACGCCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATGTACTTCTTCCTGGGGAACCTATCAGTGCTGGATGTCGGATGTATCA
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 100201 CATGTACTTCTTCCTGGGGAACCTGTCAGTGCTGGATGTCGGATGTATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGTCACTGTTCCTGCAATGTTGGGTCGTCTCTTGTCCCACAAGTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTGTCACTGTTCCTGCAATGTTGGGTCGTCTCTTGTCCCACAAGTCCACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATTTCCTATGACGCCTGCCTCTCCCAGCTCTTCTTCTTCCACCTTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATTTCCTATGACGCCTGCCTCTCCCAGCTCTTCTTCTTCCACCTTCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGGGATGGACTGCTTCCTGCTGACCGCCATGGCCTATGACCGACTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGGGATGGACTGCTTCCTGCTGACCGCCATGGCCTATGACCGACTCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATCTGCCAGCCCCTCACCTACAGCACCCGCATGAGTCAGACAGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCATCTGCCAGCCCCTCACCTACAGCACCCGCATGAGTCAGACAGTCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGGATGTTGGTGGCTGCGTCCTGGGCTTGTGCCTTCACCAACGCACTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGGATGTTGGTGGCTGCGTCCTGGGCTTGTGCCTTCACCAACGCACTGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCACACTGTGGCCATGTCCACGCTCAACTTCTGTGGCCCCAATGAGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCACACTGTGGCCATGTCCACGCTCAACTTCTGTGGCCCCAATGAGGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATCACTTCTACTGTGACCTCCCACAGCTCTTCCAGCTCTCCTGCTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATCACTTCTACTGTGACCTCCCACAGCTCTTCCAGCTCTCCTGCTCCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACCCAACTCAATGAGCTGCTGCTCTTTGTAGCAGCAGCCTTCATGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACCCAACTCAATGAGCTGCTGCTCTTTGTAGCAGCAGCCTTCATGGCTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGCACCCTTGGTCTTCATCAGTGTGTCCTATGCCCATGTGGTAGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGCACCCTTGGTCTTCATCAGTGTGTCCTATGCCCATGTGGTAGCTGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGCTGCAAATCCGCTCTGCTGAGGGCAGAAAGAAGGCCTTCTCCACATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGCTGCAAATCCGCTCTGCTGAGGGCAGAAAGAAGGCCTTCTCCACATGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGCTCCCACCTCACTGTGGTGGGCATCTTCTATGGGACAGGTGTCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGCTCCCACCTCACTGTGGTGGGCATCTTCTATGGGACAGGTGTCTTCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTACATGAGGCTGGGTTCAGTGGAATCTTCAGACAAGGATAAGGGGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTACATGAGGCTGGGTTCAGTGGAATCTTCAGACAAGGATAAGGGGGTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GGGTTTTCATGACTGTGATCAACCCCATGCTGAACCCACTTATCTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GGGTTTTCATGACTGTGATCAACCCCATGCTGAACCCACTTATCTACAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTCAGAAATACTGATGTTCAGGGCGCTCTGTGTCAGCTACTTGTGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTCAGAAATACTGATGTTCAGGGCGCTCTGTGTCAGCTACTTGTGGGGAA

    950     .    :
    951 GCGATCACTGACC
        |||||||||||||
 100951 GCGATCACTGACC