seq1 = pF1KE6066.tfa, 960 bp
seq2 = pF1KE6066/gi568815597f_159339759.tfa (gi568815597f:159339759_159540718), 200960 bp

>pF1KE6066 960
>gi568815597f:159339759_159540718 (Chr1)

1-960  (100001-100960)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTTTATGTTTCAGATTTGGGAACCAATCCATGAAAAGAGAGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTTTTATGTTTCAGATTTGGGAACCAATCCATGAAAAGAGAGAACTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACTCTCATCACTGACTTTGTTTTCCAAGGTTTCTCTAGCTTCCATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TACTCTCATCACTGACTTTGTTTTCCAAGGTTTCTCTAGCTTCCATGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCAGATCACCCTTTTTGGCGTGTTCCTTGCACTATACATCTTAACCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCAGATCACCCTTTTTGGCGTGTTCCTTGCACTATACATCTTAACCTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAGGCAATATCATCATTGTGACCATCATCCGAATTGATCTTCATCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100151 GCAGGCAATATCATCATTGTGACCATCATCCGAATGGATCTTCATCTTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACACCCATGTACTTCTTCCTGAGCATGCTGTCCACTTCAGAGACTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACACCCATGTACTTCTTCCTGAGCATGCTGTCCACTTCAGAGACTGTAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATACATTGGTCATTCTCCCAAGAATGCTCTCCAGCCTCGTAGGTATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATACATTGGTCATTCTCCCAAGAATGCTCTCCAGCCTCGTAGGTATGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGCCCATGTCATTGGCAGGGTGTGCCACACAGATGTTCTTTTTTGTAAC
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGCCCATATCATTGGCAGGGTGTGCCACACAGATGTTCTTTTTTGTAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTTGGCATCACTAACTGCTTCCTGCTCACAGCAATGGGATATGACCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTTTGGCATCACTAACTGCTTCCTGCTCACAGCAATGGGATATGACCGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATGTGGCCATCTGCAACCCCCTGAGATACATGGTTATTATGAACAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATGTGGCCATCTGCAACCCCCTGAGATACATGGTTATTATGAACAAGAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGCGTATCCAACTTGTCCTGGGGGCCTGCAGCATTGGGCTGATTGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTGCGTATCCAACTTGTCCTGGGGGCCTGCAGCATTGGGCTGATTGTAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AATAACGCAAGTGACATCTGTATTCAGGTTACCCTTCTGTGCTAGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AATAACGCAAGTGACATCTGTATTCAGGTTACCCTTCTGTGCTAGAAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGCCCCACTTCTTCTGTGACATCCGCCCTGTGATGAAGCTCTCCTGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGCCCCACTTCTTCTGTGACATCCGCCCTGTGATGAAGCTCTCCTGCATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GACACCACTGTCAATGAAATCCTGACTTTGATTATCAGTGTGCTGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GACACCACTGTCAATGAAATCCTGACTTTGATTATCAGTGTGCTGGTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGTTGTACCTATGGGTCTGGTTTTCATTTCTTATGTTCTCATTATCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGTTGTACCTATGGGTCTGGTTTTCATTTCTTATGTTCTCATTATCTCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CAATCCTCAAGATTGCTTCAGTTGAGGGCCGGAAGAAGGCTTTTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CAATCCTCAAGATTGCTTCAGTTGAGGGCCGGAAGAAGGCTTTTGCCACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TGTGCATCCCACCTCACTGTGGTCATTGTCCACTACAGCTGTGCCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TGTGCATCCCACCTCACTGTGGTCATTGTCCACTACAGCTGTGCCTCCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGCCTACCTCAAGCCCAAGTCAGAGAACACCAGAGAACATGACCAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGCCTACCTCAAGCCCAAGTCAGAGAACACCAGAGAACATGACCAGCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCTCGGTGACCTACACTGTCATCACTCCCCTACTGAACCCTGTGGTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCTCGGTGACCTACACTGTCATCACTCCCCTACTGAACCCTGTGGTATAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ACCCTGAGAAATAAAGAGGTCAAAGATGCTCTGTGCAGGGCTGTTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ACCCTGAGAAATAAAGAGGTCAAAGATGCTCTGTGCAGGGCTGTTGGTGG

    950     .    :
    951 GAAGTTTTCC
        ||||||||||
 100951 GAAGTTTTCC