seq1 = pF1KE6065.tfa, 960 bp
seq2 = pF1KE6065/gi568815592r_28944216.tfa (gi568815592r:28944216_29145175), 200960 bp

>pF1KE6065 960
>gi568815592r:28944216_29145175 (Chr6)

(complement)

1-960  (100001-100960)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCAAAGCAATTATAGTTCTTTACATGGTTTTATTCTGCTTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCAAAGCAATTATAGTTCTTTACATGGTTTTATTCTGCTTGGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTAACCATCCAAAAATGGAGATGATCCTGTCAGGAGTTGTCGCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCTAACCATCCAAAAATGGAGATGATCCTGTCAGGAGTTGTCGCCATCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTACTTAATTACATTGGTGGGTAACACAGCCATCATTCTTGCATCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTACTTAATTACATTGGTGGGTAACACAGCCATCATTCTTGCATCTCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGATTCCCAGCTTCATACACCAATGTACTTTTTCCTCAGAAATTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGATTCCCAGCTTCATACACCAATGTACTTTTTCCTCAGAAATTTATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTCCTAGATCTATGTTTCACAACCAGCATCATCCCTCAGATGCTGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTCCTAGATCTATGTTTCACAACCAGCATCATCCCTCAGATGCTGGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTTGTGGGGACCTGATAAGACCATCAGCTATGTGGGTTGTATCATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACTTGTGGGGACCTGATAAGACCATCAGCTATGTGGGTTGTATCATCCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCTATGTTTACATGTGGTTGGGCTCAGTTGAGTGCCTTCTCCTGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTCTATGTTTACATGTGGTTGGGCTCAGTTGAGTGCCTTCTCCTGGCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TATGTCCTATGATCGTTTTACAGCTATATGTAAGCCCTTGCATTATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TATGTCCTATGATCGTTTTACAGCTATATGTAAGCCCTTGCATTATTTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TAGTCATGAACCCACATCTATGTCTAAAGATGATTATCATGATCTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TAGTCATGAACCCACATCTATGTCTAAAGATGATTATCATGATCTGGAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATTAGTTTGGCCAATTCTGTAGTATTATGTACACTCACTCTGAATTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATTAGTTTGGCCAATTCTGTAGTATTATGTACACTCACTCTGAATTTGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CACATGTGGAAACAACATTCTGGATCATTTCTTGTGTGAGTTGCCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CACATGTGGAAACAACATTCTGGATCATTTCTTGTGTGAGTTGCCAGCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGTCAAGATAGCTTGTGTAGACACCACAACAGTTGAAATGTCTGTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGTCAAGATAGCTTGTGTAGACACCACAACAGTTGAAATGTCTGTTTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCTTTAGGCATTATAATTGTCCTCACACCTCTCATCCTTATTCTTATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCTTTAGGCATTATAATTGTCCTCACACCTCTCATCCTTATTCTTATATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTATGGCTACATTGCCAAAGCTGTGCTGAGAACGAAGTCAAAAGCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTATGGCTACATTGCCAAAGCTGTGCTGAGAACGAAGTCAAAAGCAAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGCGAAAAGCAATGAATACCTGTGGATCTCATCTTACTGTAGTGTCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGCGAAAAGCAATGAATACCTGTGGATCTCATCTTACTGTAGTGTCTATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCTATGGAACTATTATCTACATGTACCTGCAACCAGGTAACAGGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCTATGGAACTATTATCTACATGTACCTGCAACCAGGTAACAGGGCTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAAAGACCAGGGCAAGTTCCTCACCCTCTTTTACACTGTCATCACTCCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100801 CAAAGACCAGGGCAAGTTCCTCACCCTCTTTTACACCGTCATCACTCCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GTCTCAACCCGCTCATTTACACCTTAAGAAATAAGAACATGAAGGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100851 GTCTCAACCCGCTCATTTACACCTTAAGAAATAAGGACATGAAGGATGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTGAAGAAACTGATGAGATTTCACCACAAATCTACAAAAATAAAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGAAGAAACTGATGAGATTTCACCACAAATCTACAAAAATAAAGAGGAA

    950     .    :
    951 TTGCAAGTCA
        ||||||||||
 100951 TTGCAAGTCA