seq1 = pF1KE6064.tfa, 960 bp
seq2 = pF1KE6064/gi568815589f_122688933.tfa (gi568815589f:122688933_122889892), 200960 bp

>pF1KE6064 960
>gi568815589f:122688933_122889892 (Chr9)

1-960  (100001-100960)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACTCAGAGAACCTCACCCGGGCCGCGGTTGCCCCTGCTGAATTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACTCAGAGAACCTCACCCGGGCCGCGGTTGCCCCTGCTGAATTCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCCTGGGCATCACAAATCGCTGGGACCTGCGTGTGGCCCTCTTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTCCTGGGCATCACAAATCGCTGGGACCTGCGTGTGGCCCTCTTCCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTGCCTGCCTGTCTACCTGGTGAGCCTGCTGGGAAACATGGGCATGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTGCCTGCCTGTCTACCTGGTGAGCCTGCTGGGAAACATGGGCATGGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCTGATCCGCATGGATGCCCGGCTCCACACACCTATGTACTTCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGCTGATCCGCATGGATGCCCGGCTCCACACACCTATGTACTTCTTCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCAACCTCTCCCTGCTGGATGCCTGCTATTCCTCCGCCATCGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCAACCTCTCCCTGCTGGATGCCTGCTATTCCTCCGCCATCGGCCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGATGCTAGTGGACCTGCTGCTGCCCCGAGCCACCATCCCTTACACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGATGCTAGTGGACCTGCTGCTGCCCCGAGCCACCATCCCTTACACAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGTGCCCTCCAGATGTTTGTCTTTGCAGGTCTGGCTGATACTGAGTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGTGCCCTCCAGATGTTTGTCTTTGCAGGTCTGGCTGATACTGAGTGTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTGCTGGCAGCCATGGCCTATGACCGCTACGTGGCCATCAGAAACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTTGCTGGCAGCCATGGCCTATGACCGCTACGTGGCCATCAGAAACCCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTCTCTATACAACAGCTATGTCGCAGCGTCTATGCCTGGCCTTGCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTCTCTATACAACAGCTATGTCGCAGCGTCTATGCCTGGCCTTGCTGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCATCAGGCCTGGGTGGGGCAGTGAGTGCCTTTGTTCACACAACCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCATCAGGCCTGGGTGGGGCAGTGAGTGCCTTTGTTCACACAACCCTCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCCGCCTGAGCTTCTGCCGCTCCCGGAAGATCAATAGCTTCTTCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTCCGCCTGAGCTTCTGCCGCTCCCGGAAGATCAATAGCTTCTTCTGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATATCCCTCCACTGCTGGCCATCTCGTGCAGTGACACCAGTCTCAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATATCCCTCCACTGCTGGCCATCTCGTGCAGTGACACCAGTCTCAATGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTCCTTCTCTTCGCCATCTGTGGCTTCATCCAGACAGCCACGGTGTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTCCTTCTCTTCGCCATCTGTGGCTTCATCCAGACAGCCACGGTGTTAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TATCACGGTGTCTTATGGCTTCATCGCTGGGGCTGTGATCCACATGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TATCACGGTGTCTTATGGCTTCATCGCTGGGGCTGTGATCCACATGCGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CGGTCGAGGGCAGTCGGCGAGCAGCCTCCACCGGTGGTTCCCACCTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CGGTCGAGGGCAGTCGGCGAGCAGCCTCCACCGGTGGTTCCCACCTCACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCCGTGGCCATGATGTACGGGACACTCATTTTCATGTACCTGCGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCCGTGGCCATGATGTACGGGACACTCATTTTCATGTACCTGCGCCCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTCCAGCTATGCCCTGGACACTGACAAGATGGCCTCTGTGTTCTATACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTCCAGCTATGCCCTGGACACTGACAAGATGGCCTCTGTGTTCTATACCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGGTCATCCCGTCTCTCAACCCACTCATCTACAGCCTCCGCAATAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGGTCATCCCGTCTCTCAACCCACTCATCTACAGCCTCCGCAATAAGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GTCAAGGAGGCCCTCAGGCAGACCTGGAGCCGATTCCACTGTCCAGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GTCAAGGAGGCCCTCAGGCAGACCTGGAGCCGATTCCACTGTCCAGGGCA

    950     .    :
    951 GGGGTCCCAG
        ||||||||||
 100951 GGGGTCCCAG