seq1 = pF1KE6062.tfa, 960 bp
seq2 = pF1KE6062/gi568815587r_5444564.tfa (gi568815587r:5444564_5645523), 200960 bp

>pF1KE6062 960
>gi568815587r:5444564_5645523 (Chr11)

(complement)

1-960  (100001-100960)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCATCTGCCTCTGCCATGATCATTTTCAACCTGAGCAGTTACAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCATCTGCCTCTGCCATGATCATTTTCAACCTGAGCAGTTACAATCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGACCCTTCATTCTGGTAGGGATCCCAGGCCTGGAGCAATTCCATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGACCCTTCATTCTGGTAGGGATCCCAGGCCTGGAGCAATTCCATGTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGATTGGAATTCCCTTCTGTATCATCTACATTGTAGCTGTTGTGGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGATTGGAATTCCCTTCTGTATCATCTACATTGTAGCTGTTGTGGGAAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCATCCTTCTCTACCTCATTGTGGTGGAGCATAGTCTTCATGAACCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCATCCTTCTCTACCTCATTGTGGTGGAGCATAGTCTTCATGAACCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTTCTTCTTTCTCTCCATGCTGGCCATGACTGACCTCATCTTGTCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTTCTTCTTTCTCTCCATGCTGGCCATGACTGACCTCATCTTGTCCACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGGTGTGCCTAAAACACTCAGTATCTTTTGGCTAGGGGCTCGCGAAATC
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTGGTGTGCCTAAAGCACTCAGTATCTTTTGGCTAGGGGCTCGCGAAATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACATTCCCAGGATGCCTTACACAAATGTTCTTCCTTCACTATAACTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACATTCCCAGGATGCCTTACACAAATGTTCTTCCTTCACTATAACTTTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTGGATTCAGCCATTCTGATGGCCATGGCATTTGATCGCTATGTAGCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100351 CCTGGATTCAGCCATTCTGATGGCCATGGCATTTGATCACTATGTAGCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCTGTTCTCCCTTGAGATATACCACCATCTTGACTCCCAAGACCATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCTGTTCTCCCTTGAGATATACCACCATCTTGACTCCCAAGACCATCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAGAGTGCTATGGGCATCTCCTTTCGAAGCTTCTGCATCATCCTGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAGAGTGCTATGGGCATCTCCTTTCGAAGCTTCTGCATCATCCTGCCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGTATTCTTGCTGACATGCCTGCCTTTCTGCAGGACACGCATCATACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGTATTCTTGCTGACATGCCTGCCTTTCTGCAGGACACGCATCATACCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACACATACTGTGAGCATATAGGTGTTGCCCAGCTCGCCTGTGCTGATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACACATACTGTGAGCATATAGGTGTTGCCCAGCTCGCCTGTGCTGATATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCCATCAACTTCTGGTATGGCTTTTGTGTTCCCATCATGACAGTCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100601 TCCATCAACTTCTGGTATGGCTTTTGTGTTCCCATCATGACGGTCATCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGATGTGATTCTCATTGCTGTTTCCTACGCACACATCCTCTGTGCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGATGTGATTCTCATTGCTGTTTCCTACGCACACATCCTCTGTGCTGTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTTGCCTTCCCTCCCAAGATGCCCGCCAGAAAGCCCTCGGCACTTGTGGT
        || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTGGCCTTCCCTCCCAAGATGCCTGCCAGAAAGCCCTCGGCACTTGTGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCTCATGTCTGTGTCATCCTCATGTTTTATACACCTGCCTTTTTCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCTCATGTCTGTGTCATCCTCATGTTTTATACACCTGCCTTTTTCTCCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCTCGCCCATCGCTTTGGACACAATGTCTCTCGCACCTTCCACATCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCTCGCCCATCGCTTTGGACACAATGTCTCTCGCACCTTCCACATCATGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTGCCAATCTCTACATTGTTATCCCACCTGCACTCAACCCCATGGTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTGCCAATCTCTACATTGTTATCCCACCTGCACTCAACCCCATGGTTTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GGAGTGAAGACCAAGCAGATCAGAGATAAGGTTATACTTTTGTTTTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GGAGTGAAGACCAAGCAGATCAGAGATAAGGTTATACTTTTGTTTTCTAA

    950     .    :
    951 GGGTACAGGA
        ||||||||||
 100951 GGGTACAGGA