seq1 = pF1KE6059.tfa, 960 bp
seq2 = pF1KE6059/gi568815587r_5687857.tfa (gi568815587r:5687857_5888816), 200960 bp

>pF1KE6059 960
>gi568815587r:5687857_5888816 (Chr11)

(complement)

1-960  (100001-100960)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCATTTCTAAATGGCACCAGCCTAACTCCAGCTTCATTCATCCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCATTTCTAAATGGCACCAGCCTAACTCCAGCTTCATTCATCCTAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCATCCCTGGTTTGGAAGATGTGCATTTGTGGATCTCCTTCCCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGCATCCCTGGTTTGGAAGATGTGCATTTGTGGATCTCCTTCCCACTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTACCATGTACAGCATTGCTATTACAGGGAACTTCGGCCTTATGTACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTACCATGTACAGCATTGCTATTACAGGGAACTTCGGCCTTATGTACCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCTACTGTGATGAGGCCTTACACAGACCTATGTATGTCTTCCTTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCTACTGTGATGAGGCCTTACACAGACCTATGTATGTCTTCCTTGCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCTTTCCTTCACAGATGTGCTCATGTGCACCAGCACCCTTCCCAACACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCTTTCCTTCACAGATGTGCTCATGTGCACCAGCACCCTTCCCAACACTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTTCATATTGTGGTTTAATCTCAAGGAGATTGATTTTAAAGCCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTTCATATTGTGGTTTAATCTCAAGGAGATTGATTTTAAAGCCTGCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCCAGATGTTCTTTGTGCACACCTTCACAGGGATGGAGTCTGGGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCCCAGATGTTCTTTGTGCACACCTTCACAGGGATGGAGTCTGGGGTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGCTCATGGCCCTGGACCACTGTGTGGCCATCTGCTTCCCTCTGCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATGCTCATGGCCCTGGACCACTGTGTGGCCATCTGCTTCCCTCTGCGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATGCCACCATCCTCACTAATTCAGTCATTGCTAAAGCTGGGTTCCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATGCCACCATCCTCACTAATTCAGTCATTGCTAAAGCTGGGTTCCTCACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTTCTTAGGGGTGTGATGCTTGTTATCCCTTCCACTTTCCTCACCAAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100451 TTTCTTAGGGGTGTGATGCTTGTTATCCCTTCCACTTTCCTCACCAAGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCTTCCATACTGCAAGGGCAACGTCATACCCCACACCTACTGTGACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCTTCCATACTGCAAGGGCAACGTCATACCCCACACCTACTGTGACCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGTCTGTGGCCAAGATATCTTGTGGTAATGTCAGGGTTAACGCCATCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGTCTGTGGCCAAGATATCTTGTGGTAATGTCAGGGTTAACGCCATCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGTTTGATAGTTGCCCTGCTGATTGGGGGCTTTGATATCCTGTGCATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGTTTGATAGTTGCCCTGCTGATTGGGGGCTTTGATATCCTGTGCATTAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AATCTCCTACACTATGATTCTTCAAGCAGTTGTGAGTCTATCATCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AATCTCCTACACTATGATTCTTCAAGCAGTTGTGAGTCTATCATCAGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATGCTCGACAGAAGGCCTTCAGCACCTGCACTGCCCACATCTGTGCCATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100701 ATGCTCGACAGAAGGCCTTCAGCACCTGCACTGCCCACTTCTGTGCCATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTCCTCACCTATGTTCCAGCCTTCTTTACCTTCTTTACACACCATTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTCCTCACCTATGTTCCAGCCTTCTTTACCTTCTTTACACACCATTTTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGGACACACCATTCCTCTACACATACATATTATTATGGCTAATCTCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGGACACACCATTCCTCTACACATACATATTATTATGGCTAATCTCTACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TACTAATGCCTCCCACAATGAACCCTATTGTGTATGGGGTGAAAACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TACTAATGCCTCCCACAATGAACCCTATTGTGTATGGGGTGAAAACCAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CAGGTACGAGAAAGTGTCATTAGGTTCTTTCTTAAGGGAAAGGACAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CAGGTACGAGAAAGTGTCATTAGGTTCTTTCTTAAGGGAAAGGACAATTC

    950     .    :
    951 TCATAACTTT
        ||||||||||
 100951 TCATAACTTT