seq1 = pF1KE6055.tfa, 957 bp
seq2 = pF1KE6055/gi568815587f_6007779.tfa (gi568815587f:6007779_6208735), 200957 bp

>pF1KE6055 957
>gi568815587f:6007779_6208735 (Chr11)

1-957  (100001-100957)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATACCTCCACCAGTGTTACCTATGACTCCAGCCTCCAGATTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATACCTCCACCAGTGTTACCTATGACTCCAGCCTCCAGATTTCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTCATCCTGATGGGATTACCAGGCATTCATGAGTGGCAGCACTGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTCATCCTGATGGGATTACCAGGCATTCATGAGTGGCAGCACTGGCTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCTGCCCCTGACTCTGCTCTACCTCTTAGCTCTTGGTGCCAATCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCTGCCCCTGACTCTGCTCTACCTCTTAGCTCTTGGTGCCAATCTCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCATAATCACCATTCAACATGAGACCGTGCTACATGAACCCATGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCATAATCACCATTCAACATGAGACCGTGCTACATGAACCCATGTACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTGCTGGGCATATTAGCAGTGGTGGACATTGGCCTGGCCACCACCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTGCTGGGCATATTAGCAGTGGTGGACATTGGCCTGGCCACCACCATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCCCAAGATCCTGGCCATCTTCTGGTTTGATGCCAAGGCCATTAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCCCAAGATCCTGGCCATCTTCTGGTTTGATGCCAAGGCCATTAGCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCATGTGTTTTGCTCAGATCTATGCCATCCACTGCTTCTTCTGCATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCATGTGTTTTGCTCAGATCTATGCCATCCACTGCTTCTTCTGCATAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTCAGGCATCTTTCTCTGCATGGCAGTAGACAGATACATAGCCATCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTCAGGCATCTTTCTCTGCATGGCAGTAGACAGATACATAGCCATCTGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCCTCTTCAGTACCCCTCCATAGTCACTAAAGCTTTTGTCTTCAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCCTCTTCAGTACCCCTCCATAGTCACTAAAGCTTTTGTCTTCAAAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACAGGGTTCATCATGCTCAGGAATGGCCTGTTGACCATCCCAGTGCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACAGGGTTCATCATGCTCAGGAATGGCCTGTTGACCATCCCAGTGCCTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACTGGCTGCCCAGAGACACTACTGTTCCAGGAATGAAATCGAGCACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ACTGGCTGCCCAGAGACACTACTGTTCCAGGAATGAAATCGAGCACTGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCTGCTCTAACTTGGGGGTTATCAGCCTGGCTTGTGATGACATCACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCTGCTCTAACTTGGGGGTTATCAGCCTGGCTTGTGATGACATCACTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AACAAATTTTACCAACTGATGCTAGCATGGGTCTTGGTTGGGAGTGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AACAAATTTTACCAACTGATGCTAGCATGGGTCTTGGTTGGGAGTGATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGCTCTGGTATTTTCTTCCTATGCTGTAATCCTTCACTCTGTGCTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGCTCTGGTATTTTCTTCCTATGCTGTAATCCTTCACTCTGTGCTGAGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGAACTCAGCAGAAGCAATGTCCAAGGCTCTGAGCACTTGTAGCTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGAACTCAGCAGAAGCAATGTCCAAGGCTCTGAGCACTTGTAGCTCCCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTCATCCTCATCCTCTTCCACACAGGTATCATTGTGCTGTCTGTCACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTCATCCTCATCCTCTTCCACACAGGTATCATTGTGCTGTCTGTCACACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCTTGCAGAGAAAAAGATTCCCCTTATTCCTGTGTTCCTTAATGTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCTTGCAGAGAAAAAGATTCCCCTTATTCCTGTGTTCCTTAATGTGCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACAATGTCATCCCCCCTGCACTCAACCCCCTGGCCTGTGCACTCAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACAATGTCATCCCCCCTGCACTCAACCCCCTGGCCTGTGCACTCAGGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CACAAACTCAGACTGGGCTTTCAGAGACTGCTTGGACTGGGTCAGGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CACAAACTCAGACTGGGCTTTCAGAGACTGCTTGGACTGGGTCAGGACGT

    950     .
    951 GTCCAAG
        |||||||
 100951 GTCCAAG