seq1 = pF1KE6047.tfa, 954 bp
seq2 = pF1KE6047/gi568815587r_5926751.tfa (gi568815587r:5926751_6127704), 200954 bp

>pF1KE6047 954
>gi568815587r:5926751_6127704 (Chr11)

(complement)

1-954  (100001-100954)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTCAGCCTATGGCGTCACCCAGCAACAGCTCCACTGTCCCAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTCAGCCTATGGCGTCACCCAGCAACAGCTCCACTGTCCCAGTCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAATTCCTCCTCATCTGCTTCCCCAACTTCCAGAGTTGGCAGCACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAATTCCTCCTCATCTGCTTCCCCAACTTCCAGAGTTGGCAGCACTGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTCCCTGCCCCTCAGCCTTCTCTTCCTCCTGGCCATGGGAGCTAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTCCCTGCCCCTCAGCCTTCTCTTCCTCCTGGCCATGGGAGCTAACACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCCTCCTGATCACCATCCAGCTGGAGGCCTCTCTGCACCAGCCCCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCCTCCTGATCACCATCCAGCTGGAGGCCTCTCTGCACCAGCCCCTGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTACCTGCTCAGCCTCCTCTCCCTGCTGGACATCGTGCTCTGCCTCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTACCTGCTCAGCCTCCTCTCCCTGCTGGACATCGTGCTCTGCCTCACCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCATCCCCAAGGTCCTGGCCATCTTCTGGTATGATCTTAGGTCGATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCATCCCCAAGGTCCTGGCCATCTTCTGGTATGATCTTAGGTCGATCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCCCTGCCTGCTTCCTCCAGATGTTCATCATGAACAGTTTCCTCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCCCTGCCTGCTTCCTCCAGATGTTCATCATGAACAGTTTCCTCCCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGTCCTGCACGTTTATGGTCATGGCCTATGACCGTTATGTGGCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGAGTCCTGCACGTTTATGGTCATGGCCTATGACCGTTATGTGGCCATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCACCCACTGCGGTACCCATCCATCATCACTAATCAATTTGTGGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCACCCACTGCGGTACCCATCCATCATCACTAATCAATTTGTGGCCAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCTAGTGTCTTCATTGTGGTGCGGAATGCGCTTCTTACTGCACCCATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCTAGTGTCTTCATTGTGGTGCGGAATGCGCTTCTTACTGCACCCATTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TATCCTCACTTCCCTGCTCCATTACTGTGGGGAAAATGTCATTGAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TATCCTCACTTCCCTGCTCCATTACTGTGGGGAAAATGTCATTGAGAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCATCTGTGCCAACTTGTCTGTGTCCAGGCTCTCCTGTGATAATTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCATCTGTGCCAACTTGTCTGTGTCCAGGCTCTCCTGTGATAATTTCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTTAACAGAATCTACCAATTTGTGGCTGGTTGGACCTTGCTGGGCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTTAACAGAATCTACCAATTTGTGGCTGGTTGGACCTTGCTGGGCTCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTTATTCCTCATCTTCCTCTCTTACACCTTCATTCTAAGAGCTGTGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTTATTCCTCATCTTCCTCTCTTACACCTTCATTCTAAGAGCTGTGCTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GATTCAAAGCAGAGGGGGCGGCAGTGAAGGCCCTGAGCACATGTGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GATTCAAAGCAGAGGGGGCGGCAGTGAAGGCCCTGAGCACATGTGGCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CACTTCATCCTCATTCTTTTCTTCAGCACCATACTGCTGGTTGTGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CACTTCATCCTCATTCTTTTCTTCAGCACCATACTGCTGGTTGTGGTGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GACAAACGTGGCCAGAAAGAAGGTCCCCATGGACATCCTGATCCTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GACAAACGTGGCCAGAAAGAAGGTCCCCATGGACATCCTGATCCTGCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACGTCCTTCATCACCTTATTCCTCCTGCATTGAACCCTATTGTGTATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACGTCCTTCATCACCTTATTCCTCCTGCATTGAACCCTATTGTGTATGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GTTCGGACCAAAGAGATAAAACAGGGAATTCAGAAGTTACTGCAGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GTTCGGACCAAAGAGATAAAACAGGGAATTCAGAAGTTACTGCAGAGAGG

    950 
    951 GAGG
        ||||
 100951 GAGG