seq1 = pF1KE6046.tfa, 954 bp
seq2 = pF1KE6046/gi568815587f_123839617.tfa (gi568815587f:123839617_124040570), 200954 bp

>pF1KE6046 954
>gi568815587f:123839617_124040570 (Chr11)

1-954  (100001-100954)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCCAGCAAATCATTCCCAGGTGGCAGGATTTGTTCTACTGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATCCAGCAAATCATTCCCAGGTGGCAGGATTTGTTCTACTGGGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTCAGGTTTGGGAGCTTCGGTTTGTTTTCTTCACTGTTTTCTCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCTCAGGTTTGGGAGCTTCGGTTTGTTTTCTTCACTGTTTTCTCTGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTATTTTATGACTGTAGTGGGAAACCTTCTTATTGTGGTCATAGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTATTTTATGACTGTAGTGGGAAACCTTCTTATTGTGGTCATAGTGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCGACCCACACCTGCACACAACCATGTATTTTCTCTTGGGCAATCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCGACCCACACCTGCACACAACCATGTATTTTCTCTTGGGCAATCTTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTCCTGGACTTTTGCTACTCTTCCATCACAGCACCTAGGATGCTGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTCCTGGACTTTTGCTACTCTTCCATCACAGCACCTAGGATGCTGGTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTTGCTCTCAGGCAACCCTACCATTTCCTTTGGTGGATGCCTGACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACTTGCTCTCAGGCAACCCTACCATTTCCTTTGGTGGATGCCTGACTCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCTTCTTCTTCCACTTCATTGGAGGCATCAAGATCTTCCTGCTGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTCTTCTTCTTCCACTTCATTGGAGGCATCAAGATCTTCCTGCTGACTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGGCGTATGACCGCTACATTGCCATTTCCCAGCCCCTGCACTACACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATGGCGTATGACCGCTACATTGCCATTTCCCAGCCCCTGCACTACACGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCATTATGAATCAGACTGTCTGTGCACTCCTTATGGCAGCCTCCTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCATTATGAATCAGACTGTCTGTGCACTCCTTATGGCAGCCTCCTGGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGGGGCTTCATCCACTCCATAGTACAGATTGCATTGACTATCCAGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGGGGCTTCATCCACTCCATAGTACAGATTGCATTGACTATCCAGCTGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ATTCTGTGGGCCTGACAAGCTGGACAACTTTTATTGTGATGTGCCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ATTCTGTGGGCCTGACAAGCTGGACAACTTTTATTGTGATGTGCCTCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGATCAAATTGGCCTGCACAGATACCTTTGTCTTAGAGCTTTTAATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGATCAAATTGGCCTGCACAGATACCTTTGTCTTAGAGCTTTTAATGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCTAACAATGGCCTGGTGACCCTGATGTGTTTTCTGGTGCTTCTGGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCTAACAATGGCCTGGTGACCCTGATGTGTTTTCTGGTGCTTCTGGGATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GTACACAGCACTGCTAGTCATGCTCCGAAGCCACTCACGGGAGGGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GTACACAGCACTGCTAGTCATGCTCCGAAGCCACTCACGGGAGGGCCGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCAAGGCCCTGTCTACCTGTGCCTCTCACATTGCTGTGGTGACCTTAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCAAGGCCCTGTCTACCTGTGCCTCTCACATTGCTGTGGTGACCTTAATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTGTGCCTTGCATCTACGTCTATACAAGGCCTTTTCGGACATTCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTTGTGCCTTGCATCTACGTCTATACAAGGCCTTTTCGGACATTCCCCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGACAAGGCCGTCTCTGTGCTATACACAATTGTCACCCCCATGCTGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGACAAGGCCGTCTCTGTGCTATACACAATTGTCACCCCCATGCTGAATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTGCCATCTATACCCTGAGAAACAAGGAAGTGATCATGGCCATGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTGCCATCTATACCCTGAGAAACAAGGAAGTGATCATGGCCATGAAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTGTGGAGGAGGAAAAAGGACCCTATTGGTCCCCTGGAGCACAGACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGTGGAGGAGGAAAAAGGACCCTATTGGTCCCCTGGAGCACAGACCCTT

    950 
    951 ACAT
        ||||
 100951 ACAT