seq1 = pF1KE6043.tfa, 951 bp
seq2 = pF1KE6043/gi568815591f_143859971.tfa (gi568815591f:143859971_144060921), 200951 bp

>pF1KE6043 951
>gi568815591f:143859971_144060921 (Chr7)

1-951  (100001-100951)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAACAGATAACCAGACTTGGGTGAGTGAATTTATTCTCCTCGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAACAGATAACCAGACTTGGGTGAGTGAATTTATTCTCCTCGGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCAGTGACTGGGACACTCGGGTCTCCCTGTTTGTCCTGTTCTTGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCCAGTGACTGGGACACTCGGGTCTCCCTGTTTGTCCTGTTCTTGGTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTATGTGGTGACCGTGCTGGGGAACTGTCTCATTGTCCTTCTGATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTATGTGGTGACCGTGCTGGGGAACTGTCTCATTGTCCTTCTGATCAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGACAGCCGACTCCACACTCCCATGTATTTCTTTCTCACCAACCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGACAGCCGACTCCACACTCCCATGTATTTCTTTCTCACCAACCTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTTGTCGATGTCTCCTATGCCACAAGTGTAGTCCCTCAGCTGCTGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTTGTCGATGTCTCCTATGCCACAAGTGTAGTCCCTCAGCTGCTGGCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATTTTCTTGCAGAACATAAAGCCATCCCATTCCAGAGCTGTGCAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATTTTCTTGCAGAACATAAAGCCATCCCATTCCAGAGCTGTGCAGCCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTATTTTTCTCCCTGGCCTTGGGTGGGATTGAGTTTGTTCTCCTGGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTATTTTTCTCCCTGGCCTTGGGTGGGATTGAGTTTGTTCTCCTGGCGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGGCCTATGACCGCTATGTGGCTGTGTGTGATGCCCTGCGATACTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGGCCTATGACCGCTATGTGGCTGTGTGTGATGCCCTGCGATACTCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATCATGCATGGAGGGCTGTGTGCTAGGTTGGCCATCACATCCTGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCATCATGCATGGAGGGCTGTGTGCTAGGTTGGCCATCACATCCTGGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGTGGCTTCATCAGCTCTCCTGTGCAGACTGCTATCACCTTTCAGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGTGGCTTCATCAGCTCTCCTGTGCAGACTGCTATCACCTTTCAGCTGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CATGTGCAGAAACAAGTTTATTGATCACATATCCTGTGAACTCCTAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CATGTGCAGAAACAAGTTTATTGATCACATATCCTGTGAACTCCTAGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGTCAGGCTGGCTTGTGTGGACACCTCCTCCAATGAGGTCACCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGTCAGGCTGGCTTGTGTGGACACCTCCTCCAATGAGGTCACCATCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTGTCTAGCATTGTTCTTCTGATGACACCCTTCTGCCTGGTTCTTTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTGTCTAGCATTGTTCTTCTGATGACACCCTTCTGCCTGGTTCTTTTGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTACATCCAGATCATCTCCACCATCCTAAAGATCCAGTCCAGAGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTACATCCAGATCATCTCCACCATCCTAAAGATCCAGTCCAGAGAAGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GAAAGAAAGCTTTCCACACGTGTGCCTCTCACCTCACGGTGGTTGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100701 GAAAGAAAGCTTTCCACACGTGTGCCTCTCACCTCACAGTGGTTGCCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TGCTATGGTGTGGCCATTTTCACTTACATCCAGCCCCACTCCAGTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TGCTATGGTGTGGCCATTTTCACTTACATCCAGCCCCACTCCAGTCCCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGTCCTTCAGGAGAAGTTGTTCTCTGTCTTTTATGCCATTTTAACACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGTCCTTCAGGAGAAGTTGTTCTCTGTCTTTTATGCCATTTTAACACCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCTGAACCCCATGATTTACAGCCTAAGGAATAAAGAGGTGAAGGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCTGAACCCCATGATTTACAGCCTAAGGAATAAAGAGGTGAAGGGGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TGGCAGAAACTATTATGGAAATTCTCTGGGTTAACATCAAAGCTGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TGGCAGAAACTATTATGGAAATTCTCTGGGTTAACATCAAAGCTGGCAAC

    950 
    951 T
        |
 100951 T