seq1 = pF1KE6040.tfa, 951 bp
seq2 = pF1KE6040/gi568815597r_158462654.tfa (gi568815597r:158462654_158663604), 200951 bp

>pF1KE6040 951
>gi568815597r:158462654_158663604 (Chr1)

(complement)

1-951  (100001-100951)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAAATTTGAGTGGAGGCCATGTCGAGGAGTTTGTCTTGGTGGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAAATTTGAGTGGAGGCCATGTCGAGGAGTTTGTCTTGGTGGGTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCTACCACGCCTCCCCTCCAGCTGCTCCTCTTTGTCCTTTTTTTTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCTACCACGCCTCCCCTCCAGCTGCTCCTCTTTGTCCTTTTTTTTGCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTACCTTCTGACATTGTTGGAGAATGCACTTATTGTCTTCACAATATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTTACCTTCTGACATTGTTGGAGAATGCACTTATTGTCTTCACAATATGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTTGCTCCAAGCCTTCATCGCCCCATGTACTTTTTCCTTGGCCATCTCTC
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTTGCTCCAAGCCTTCATCGTCCCATGTACTTTTTCCTTGGCCATCTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTCCTGGAGCTATGGTACATCAATGTCACCATTCCTCGGCTCTTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTCCTGGAGCTATGGTACATCAATGTCACCATTCCTCGGCTCTTGGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTTCCTTACCCAGGATGGTAGAGTCTCCTACGTAGGTTGCATGACCCAA
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCTTTCTTACCCAGGATGGTAGAGTCTCCTACGTAGGTTGCATGACCCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGTACTTCTTTATTGCCTTAGCCTGTACTGAATGTGTGCTGTTGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGTACTTCTTTATTGCCTTAGCCTGTACTGAATGTGTGCTGTTGGCAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TATGGCCTATGATCGCTACCTGGCCATCTGTGGACCCCTCCTTTACCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TATGGCCTATGATCGCTACCTGGCCATCTGTGGACCCCTCCTTTACCCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTCTCATGCCTTCCAGTCTGGCCACTCGCCTTGCTGCTGCCTCTTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTCTCATGCCTTCCAGTCTGGCCACTCGCCTTGCTGCTGCCTCTTGGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGTGGCTTCTTCAGCTCCATGATGAAGCTTCTTTTTATTTCCCAATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGTGGCTTCTTCAGCTCCATGATGAAGCTTCTTTTTATTTCCCAATTGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTACTGTGGACCCAACATTATCAACCACTTTTTCTGTGATATTTCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTACTGTGGACCCAACATTATCAACCACTTTTTCTGTGATATTTCCCCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TACTCAACCTCACCTGCTCTGACAAGGAGCAAGCAGAGCTAGTAGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TACTCAACCTCACCTGCTCTGACAAGGAGCAAGCAGAGCTAGTAGACTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTTCTGGCCCTGGTGATGATTCTACTCCCTCTATTGGCTGTGGTTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTTCTGGCCCTGGTGATGATTCTACTCCCTCTATTGGCTGTGGTTTCATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATACACTGCCATCATTGCAGCCATCCTGAGGATCCCTACGTCCAGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATACACTGCCATCATTGCAGCCATCCTGAGGATCCCTACGTCCAGGGGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCCACAAAGCCTTTTCCACTTGTGCCGCTCATCTGGCAGTGGTTGTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCCACAAAGCCTTTTCCACTTGTGCCGCTCATCTGGCAGTGGTTGTTATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TACTACTCCTCCACTCTCTTCACCTATGCACGGCCCCGGGCCATGTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TACTACTCCTCCACTCTCTTCACCTATGCACGGCCCCGGGCCATGTACAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTTCAACCACAACAAGATTATCTCTGTGCTCTACACTATCATTGTACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTTCAACCACAACAAGATTATCTCTGTGCTCTACACTATCATTGTACCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCTTCAACCCAGCCATCTACTGCCTGAGGAACAAGGAGGTGAAGGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCTTCAACCCAGCCATCTACTGCCTGAGGAACAAGGAGGTGAAGGAGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTCAGGAAGACAGTGATGGGCAGATGTCACTATCCTAGGGATGTTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTCAGGAAGACAGTGATGGGCAGATGTCACTATCCTAGGGATGTTCAGGA

    950 
    951 C
        |
 100951 C