seq1 = pF1KE6036.tfa, 951 bp
seq2 = pF1KE6036/gi568815587f_5322201.tfa (gi568815587f:5322201_5523151), 200951 bp

>pF1KE6036 951
>gi568815587f:5322201_5523151 (Chr11)

1-951  (100001-100951)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCAGGTGACTAACACCACACAAGAAGGCATCTACTTCATCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCCAGGTGACTAACACCACACAAGAAGGCATCTACTTCATCCTCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACATCCCTGGATTTGAGGCCTCCCACATCTGGATCTCCATCCCCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACATCCCTGGATTTGAGGCCTCCCACATCTGGATCTCCATCCCCGTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTGTCTCTACACCATCTCCATCATGGGCAATACCACCATCCTCACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTGTCTCTACACCATCTCCATCATGGGCAATACCACCATCCTCACTGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTCGCACAGAGCCATCTGTCCACCAGCGCATGTATCTGTTTCTCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATTCGCACAGAGCCATCTGTCCACCAGCGCATGTATCTGTTTCTCTCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTGGCCCTGACGGACCTGGGTCTCACCCTCACCACCCTACCCACAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTGGCCCTGACGGACCTGGGTCTCACCCTCACCACCCTACCCACAGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCAGCTTCTCTGGTTCAACGTTCGTAGAATCAGCTCTGAGGCCTGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCAGCTTCTCTGGTTCAACGTTCGTAGAATCAGCTCTGAGGCCTGTTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCTCAGTTTTTCTTCCTTCATGGATTCTCCTTTATGGAGTCTTCTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCTCAGTTTTTCTTCCTTCATGGATTCTCCTTTATGGAGTCTTCTGTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTGGCTATGTCCGTTGACTGCTATGTGGCCATCTGCTGTCCCCTCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTGGCTATGTCCGTTGACTGCTATGTGGCCATCTGCTGTCCCCTCCATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATGCCTCCATCCTCACCAATGAAGTCATTGGTAGAACTGGGTTAGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATGCCTCCATCCTCACCAATGAAGTCATTGGTAGAACTGGGTTAGCCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATTTGCTGCTGTGTTCTGGCGGTTCTTCCCTCCCTTTTCTTACTCAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATTTGCTGCTGTGTTCTGGCGGTTCTTCCCTCCCTTTTCTTACTCAAGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACTGCCTTTCTGCCACTCCCACCTTCTCTCTCGCTCCTATTGCCTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ACTGCCTTTCTGCCACTCCCACCTTCTCTCTCGCTCCTATTGCCTCCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGGATATGATCCGCCTGGTCTGTGCTGACATCAGGCTCAACAGCTGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGGATATGATCCGCCTGGTCTGTGCTGACATCAGGCTCAACAGCTGGTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGATTTGCTCTTGCCTTGCTCATTATTATCGTGGATCCTCTGCTCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGATTTGCTCTTGCCTTGCTCATTATTATCGTGGATCCTCTGCTCATTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GATCTCCTATACACTTATTCTGAAAAATATCTTGGGCACAGCCACCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GATCTCCTATACACTTATTCTGAAAAATATCTTGGGCACAGCCACCTGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTGAGCGACTCCGTGCCCTCAATAACTGCCTGTCCCACATTCTAGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTGAGCGACTCCGTGCCCTCAATAACTGCCTGTCCCACATTCTAGCTGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGGTCCTCTACATTCCCATGGTTGGTGTATCTATGACTCATCGCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTGGTCCTCTACATTCCCATGGTTGGTGTATCTATGACTCATCGCTTTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAAGCATGCCTCTCCACTGGTCCATGTTATCATGGCCAATATCTACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAAGCATGCCTCTCCACTGGTCCATGTTATCATGGCCAATATCTACCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGGCACCCCCGGTGATGAACCCCATCATTTACAGTGTAAAGAACAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGGCACCCCCGGTGATGAACCCCATCATTTACAGTGTAAAGAACAAGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATCCAATGGGGAATGTTAAATTTCCTTTCCCTCAAAAATATGCATTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATCCAATGGGGAATGTTAAATTTCCTTTCCCTCAAAAATATGCATTCAAG

    950 
    951 A
        |
 100951 A