seq1 = pF1KE6034.tfa, 948 bp
seq2 = pF1KE6034/gi568815595f_98397681.tfa (gi568815595f:98397681_98598628), 200948 bp

>pF1KE6034 948
>gi568815595f:98397681_98598628 (Chr3)

1-948  (100001-100948)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTGAAGAAAATCATACCATGAAAAATGAGTTTATCCTCACAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTGAAGAAAATCATACCATGAAAAATGAGTTTATCCTCACAGGATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACAGATCACCCTGAGCTGAAGACTCTGCTGTTTGTGGTGTTCTTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TACAGATCACCCTGAGCTGAAGACTCTGCTGTTTGTGGTGTTCTTTGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTATCTGATCACCGTGGTGGGGAATATTAGTTTGGTGGCACTGATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTATCTGATCACCGTGGTGGGGAATATTAGTTTGGTGGCACTGATATTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACACACTGTCGGCTTCACACACCAATGTACATCTTTCTGGGAAATCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACACACTGTCGGCTTCACACACCAATGTACATCTTTCTGGGAAATCTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCTTGTGGATTCTTGCTGTGCCTGTGCTATTACCCCCAAAATGTTAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCTTGTGGATTCTTGCTGTGCCTGTGCTATTACCCCCAAAATGTTAGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTTCTTTTCTGAGGGCAAAAGGATTTCCCTCTATGAATGTGCAGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACTTCTTTTCTGAGGGCAAAAGGATTTCCCTCTATGAATGTGCAGTACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTTATTTTCTTTGCACTGTGGAAACTGCAGACTGCTTTCTTCTGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTTATTTTCTTTGCACTGTGGAAACTGCAGACTGCTTTCTTCTGGCAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGTGGCCTATGACCGCTATGTGGCCATCTGCAACCCACTGCAGTACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGTGGCCTATGACCGCTATGTGGCCATCTGCAACCCACTGCAGTACCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCATGATGTCCAAGAAACTCTGCATTCAGATGACCACAGGCGCCTTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCATGATGTCCAAGAAACTCTGCATTCAGATGACCACAGGCGCCTTCATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCTGGAAATCTGCATTCCATGATTCATGTAGGGCTTGTATTTAGGTTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCTGGAAATCTGCATTCCATGATTCATGTAGGGCTTGTATTTAGGTTAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTTCTGTGGATTGAATCACATCAACCACTTTTACTGTGATACTCTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTTCTGTGGATTGAATCACATCAACCACTTTTACTGTGATACTCTTCCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGTATAGACTCTCCTGTGTTGACCCTTTCATCAATGAACTGGTTCTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGTATAGACTCTCCTGTGTTGACCCTTTCATCAATGAACTGGTTCTATTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATCTTCTCAGGTTCAGTTCAAGTCTTTACCATAGGTAGTGTCTTAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATCTTCTCAGGTTCAGTTCAAGTCTTTACCATAGGTAGTGTCTTAATATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTATCTCTATATTCTTCTTACTATTTTCAGAATGAAATCCAAGGAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTATCTCTATATTCTTCTTACTATTTTCAGAATGAAATCCAAGGAGGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGGCCAAAGCCTTTTCTACTTGTGCATCCCACTTTTCATCAGTTTCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGGCCAAAGCCTTTTCTACTTGTGCATCCCACTTTTCATCAGTTTCATTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCTATGGATCTATTTTTTTCCTATACATTAGACCAAATTTGCTTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCTATGGATCTATTTTTTTCCTATACATTAGACCAAATTTGCTTGAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGGAGGTAATGATATACCAGCTGCTATTTTATTTACAATAGTAGTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGGAGGTAATGATATACCAGCTGCTATTTTATTTACAATAGTAGTTCCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TACTAAATCCTTTCATTTATAGTCTGAGAAACAAGGAAGTAATAAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TACTAAATCCTTTCATTTATAGTCTGAGAAACAAGGAAGTAATAAGTGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    901 TTAAGAAAAATTCTGCTGAAAATAAAATCTCAAGGAAGTGTGAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTAAGAAAAATTCTGCTGAAAATAAAATCTCAAGGAAGTGTGAACAAA