seq1 = pF1KE6028.tfa, 948 bp
seq2 = pF1KE6028/gi568815587f_56260247.tfa (gi568815587f:56260247_56461194), 200948 bp

>pF1KE6028 948
>gi568815587f:56260247_56461194 (Chr11)

1-948  (100001-100948)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCCTGAAAATTTCACCAGGGTCACTGAGTTTATTCTTACAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCCTGAAAATTTCACCAGAGTCACTGAGTTTATTCTTACAGGTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTAGCTGTCCAGAGCTCCAGATTCCCCTCTTCCTGGTCTTTCTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCTAGCTGTCCAGAGCTCCAGATTCCCCTCTTCCTGGTCTTTCTGGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTATGGGCTGACCATGGCAGGGAACCTGGGCATCATCACCCTCACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTATGGGCTGACCATGGCAGGGAACCTGGGCATCATCACCCTCACCAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTTGACTCTCGACTTCAAACCCCCATGTACTTTTTCCTGCAACATCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTTGACTCTCGACTTCAAACCCCCATGTACTTTTTCCTGCAACATCTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCTCATTAATCTTGGTAACTCTACTGTCATTGCCCCTAAAATGCTGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCTCATTAATCTTGGTAACTCTACTGTCATTGCCCCTAAAATGCTGATTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTTTTTAGTAAAGAAGAAAACTACCTCATTCTATGAATGTGCCACCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACTTTTTAGTAAAGAAGAAAACTACCTCATTCTATGAATGTGCCACCCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGGAGGGTTCTTGTTCTTTATTGTATCGGAGGTAATCATGCTGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGGAGGGTTCTTGTTCTTTATTGTATCGGAGGTAATCATGCTGGCTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGGCCTATGACCGCTATGTGGCTATTTGTAACCCTCTGCTGTACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGGCCTATGACCGCTATGTGGCTATTTGTAACCCTCTGCTGTACATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGTGGTGTCTCGGCGGCTCTGCCTCCTGCTGGTCTCCCTCACATACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGTGGTGTCTCGGCGGCTCTGCCTCCTGCTGGTCTCCCTCACATACCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TATGGCTTTTCTACAGCTATTGTGGTTTCATCTTATGTATTCTCTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TATGGCTTTTCTACAGCTATTGTGGTTTCATCTTATGTATTCTCTGTGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTATTGCTCTTCTAATATAATCAATCATTTTTACTGTGATAATGTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTATTGCTCTTCTAATATAATCAATCATTTTTACTGTGATAATGTTCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGTTAGCATTATCTTGCTCTGATACTTACTTACCAGAAACAGTTGTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGTTAGCATTATCTTGCTCTGATACTTACTTACCAGAAACAGTTGTCTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATATCTGCAGCAACAAATGTGGTTGGTTCCTTGATTATAGTTCTAGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATATCTGCAGCAACAAATGTGGTTGGTTCCTTGATTATAGTTCTAGTATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTATTTCAATATTGTTTTGTCTATTTTAAAAATATGTTCATCAGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTATTTCAATATTGTTTTGTCTATTTTAAAAATATGTTCATCAGAAGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGAAAAAAGCCTTTTCTACCTGTGCTTCACATATGATGGCAGTCACAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGAAAAAAGCCTTTTCTACCTGTGCTTCACATATGATGGCAGTCACAATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTTATGGGACATTGCTATTCATGTATGTGCAGCCCCGAAGTAACCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTTTATGGGACATTGCTATTCATGTATGTGCAGCCCCGAAGTAACCATTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ATTGGATACTGATGATAAGATGGCTTCTGTGTTTTACACGTTGGTAATTC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ACTGGATACTGATGATAAGATGGCTTCTGTGTTTTACACGTTGGTAATTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTATGCTGAATCCCTTGATCTACAGCCTGAGGAATAAGGATGTGAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTATGCTGAATCCCTTGATCTACAGCCTGAGGAATAAGGATGTGAAGACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    901 GCTCTACAGAGATTCATGACAAATCTGTGCTATTCCTTTAAAACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCTCTACAGAGATTCATGACAAATCTGTGCTATTCCTTTAAAACAATG