seq1 = pF1KE6024.tfa, 945 bp
seq2 = pF1KE6024/gi568815587f_6776648.tfa (gi568815587f:6776648_6977592), 200945 bp

>pF1KE6024 945
>gi568815587f:6776648_6977592 (Chr11)

1-945  (100001-100945)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGTGGGAAAACTGGACAATTGTCAGTGAATTTGTTCTCGTGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGTGGGAAAACTGGACAATTGTCAGTGAATTTGTTCTCGTGAGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCAGCCCTGTCCACTGAGCTTCAGGCTCTACTGTTTCTCCTTTTCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCAGCCCTGTCCACTGAGCTTCAGGCTCTACTGTTTCTCCTTTTCTTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCATTTACTTGGTTACTTTAATGGGCAATGTCCTCATCATCCTGGTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCATTTACTTGGTTACTTTAATGGGCAATGTCCTCATCATCCTGGTCACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATAGCTGACTCTGCACTACAAAGTCCTATGTACTTCTTCCTCAGAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATAGCTGACTCTGCACTACAAAGTCCTATGTACTTCTTCCTCAGAAACTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTCCTTCCTGGAGATAGGTTTCAACTTGGTCATTGTGCCCAAGATGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTCCTTCCTGGAGATAGGTTTCAACTTGGTCATTGTGCCCAAGATGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGACCCTGATCATTCAAGACACAACCATCTCCTTCCTTGGATGTGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGACCCTGATCATTCAAGACACAACCATCTCCTTCCTTGGATGTGCCACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGATGTATTTCTTCTTCTTTTTTGGGGCTGCTGAGTGCTGCCTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGATGTATTTCTTCTTCTTTTTTGGGGCTGCTGAGTGCTGCCTCCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CACCATGGCATATGACCGCTACGTGGCCATCTGTGACCCCTTGCACTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CACCATGGCATATGACCGCTACGTGGCCATCTGTGACCCCTTGCACTACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGTCATCATGGGCCACATATCCTGTGCCCAGCTGGCAGCTGCCTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAGTCATCATGGGCCACATATCCTGTGCCCAGCTGGCAGCTGCCTCTTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCTCAGGGTTTTCAGTGGCCACTGTGCAAACCACATGGATTTTCAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCTCAGGGTTTTCAGTGGCCACTGTGCAAACCACATGGATTTTCAGTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCCTTTTTGTGGCCCCAACAGGGTGAACCACTTCTTCTGTGACAGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCCTTTTTGTGGCCCCAACAGGGTGAACCACTTCTTCTGTGACAGCCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTGTTATTGCACTGGTCTGTGCTGACACCTCTGTGTTTGAACTGGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTGTTATTGCACTGGTCTGTGCTGACACCTCTGTGTTTGAACTGGAGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGACAGCCACTGTCCTATTCATTCTCTTTCCTTTCTTGCTGATCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGACAGCCACTGTCCTATTCATTCTCTTTCCTTTCTTGCTGATCCTGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATCCTATGTCCGCATCCTCTCCACTATCTTCAGGATGCCGTCAGCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATCCTATGTCCGCATCCTCTCCACTATCTTCAGGATGCCGTCAGCTGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGAAACATCAGGCATTCTCCACCTGTTCCGCCCACCTCTTGGTTGTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGAAACATCAGGCATTCTCCACCTGTTCCGCCCACCTCTTGGTTGTCTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTCTTCTATAGCACTGCCATCCTCACGTATTTCCGACCCCAATCCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTCTTCTATAGCACTGCCATCCTCACGTATTTCCGACCCCAATCCAGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTCTTCTGAGAGCAAGAAGCTGCTGTCACTCTCTTCCACAGTGGTGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTCTTCTGAGAGCAAGAAGCTGCTGTCACTCTCTTCCACAGTGGTGACTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCATGTTGAACCCCATCATCTACAGCTCAAGGAATAAAGAAGTGAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCATGTTGAACCCCATCATCTACAGCTCAAGGAATAAAGAAGTGAAGGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    901 GCACTGAAGCGGCTTATCCACAGGACCCTGGGCTCTCAGAAACTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCACTGAAGCGGCTTATCCACAGGACCCTGGGCTCTCAGAAACTA