seq1 = pF1KE6017.tfa, 945 bp
seq2 = pF1KE6017/gi568815587f_54606885.tfa (gi568815587f:54606885_54807829), 200945 bp

>pF1KE6017 945
>gi568815587f:54606885_54807829 (Chr11)

1-945  (100001-100945)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGACAGAATAACAATATTACAGAATTTGTCCTCCTGGGCTTTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGACAGAATAACAATATTACAGAATTTGTCCTCCTGGGCTTTTCTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGATCCTGGTGTGCAAAAAGCATTATTTGTCATGTTTTTACTCACATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGATCCTGGTGTGCAAAAAGCATTATTTGTCATGTTTTTACTCACATACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTGACAGTGGTGGGGAACCTGCTCATTGTGGTGGATATTATTGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGTGACAGTGGTGGGGAACCTGCTCATTGTGGTGGATATTATTGCCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCTTCCTTGGGTTCCCCAATGTATTTCTTCCTTGCCTGCCTGTCATTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCTTCCTTGGGTTCCCCAATGTATTTCTTCCTTGCCTGCCTGTCATTTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGATGCTGCATATTCCACTACCATTTCTCCCAAGTTAATTGTAGGCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGATGCTGCATATTCCACTACCATTTCTCCCAAGTTAATTGTAGGCTTAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTGTGATAAAAAGACTATTTCCTTCCAAGGTTGCATGGGCCAGCTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTGTGATAAAAAGACTATTTCCTTCCAAGGTTGCATGGGCCAGCTATTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATAGACCATTTCTTTGGTGGGGCTGAGGTCTTCCTTCTGGTGGTGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATAGACCATTTCTTTGGTGGGGCTGAGGTCTTCCTTCTGGTGGTGATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTGTGATCGCTATGTGGCCATCTGTAAGCCACTGCACTATTTGACCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTGTGATCGCTATGTGGCCATCTGTAAGCCACTGCACTATTTGACCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGAATCGACAGGTTTGCTTCCTTCTGTTGGTGGTGGCCATGATTGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGAATCGACAGGTTTGCTTCCTTCTGTTGGTGGTGGCCATGATTGGAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTTGTACATTCTGCGTTTCAAATTGTTGTGTACAGTCTCCCTTTCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTTGTACATTCTGCGTTTCAAATTGTTGTGTACAGTCTCCCTTTCTGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCCCAATGTCATTGTTCATTTCAGTTGTGACATGCACCCATTACTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCCCAATGTCATTGTTCATTTCAGTTGTGACATGCACCCATTACTGGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGCATGCACTGACACCTACTTTATAGGCCTCACTGTTGTTGTCAATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGCATGCACTGACACCTACTTTATAGGCCTCACTGTTGTTGTCAATAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGAGCAATCTGTATGGTCATTTTCAACCTTCTGTTAATCTCCTATGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGAGCAATCTGTATGGTCATTTTCAACCTTCTGTTAATCTCCTATGGAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATCCTAAGCTCCCTTAAAACTTACAGTCAGGAAAAGAGGGGTAAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATCCTAAGCTCCCTTAAAACTTACAGTCAGGAAAAGAGGGGTAAAGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGTCTACCTGCAGCTCCGGCAGTACCGTTGTTGTCCTCTTTTTTGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGTCTACCTGCAGCTCCGGCAGTACCGTTGTTGTCCTCTTTTTTGTACCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TGTATTTTCATATATGTTAGACCTGTTTCAAACTTTCCTACTGATAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TGTATTTTCATATATGTTAGACCTGTTTCAAACTTTCCTACTGATAAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CATGACTGTGTTTTATACCATTATCACACACATGCTGAGTCCTTTAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CATGACTGTGTTTTATACCATTATCACACACATGCTGAGTCCTTTAATAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATACGTTGAGAAATTCAGAGATGAGAAATGCTATAGAAAAACTCTTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATACGTTGAGAAATTCAGAGATGAGAAATGCTATAGAAAAACTCTTGGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    901 AAAAAGTTAACTATATTTATTATAGGAGGAGTGTCCGTCCTCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AAAAAGTTAACTATATTTATTATAGGAGGAGTGTCCGTCCTCATG