seq1 = pF1KE6006.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KE6006/gi568815587f_59414913.tfa (gi568815587f:59414913_59615854), 200942 bp

>pF1KE6006 942
>gi568815587f:59414913_59615854 (Chr11)

1-942  (100001-100942)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCAGAGAAATTACACCAGAGTGAAAGAATTTACCTTCCTGGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCAGAGAAATTACACCAGAGTGAAAGAATTTACCTTCCTGGGAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACTCAGTCCCGAGAACTGAGCCAGGTCTTATTTACCTTCCTGTTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TACTCAGTCCCGAGAACTGAGCCAGGTCTTATTTACCTTCCTGTTTTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTACATGACAACTCTAATGGGAAACTTCCTCATCATGGTTACAGTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTACATGACAACTCTAATGGGAAACTTCCTCATCATGGTTACAGTTACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGTGAATCTCACCTTCATACGCCCATGTACTTCCTGCTCCGCAACCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGTGAATCTCACCTTCATACGCCCATGTACTTCCTGCTCCGCAACCTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TATTCTTGACATCTGCTTTTCCTCCATCACAGCTCCTAAGGTCCTGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TATTCTTGACATCTGCTTTTCCTCCATCACAGCTCCTAAGGTCCTGATAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATCTTCTATCAGAGACAAAAACCATCTCCTTCAGTGGCTGTGTCACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATCTTCTATCAGAGACAAAAACCATCTCCTTCAGTGGCTGTGTCACTCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGTTCTTCTTCCACCTTCTGGGGGGAGCAGACGTTTTTTCTCTCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATGTTCTTCTTCCACCTTCTGGGGGGAGCAGACGTTTTTTCTCTCTCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGGCGTTTGACCGCTATATAGCCATCTCCAAGCCCCTGCACTATATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGGCGTTTGACCGCTATATAGCCATCTCCAAGCCCCTGCACTATATGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATCATGAGTAGGGGGCGATGCACAGGCCTCATCGTGGCTTCCTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCATCATGAGTAGGGGGCGATGCACAGGCCTCATCGTGGCTTCCTGGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGGGGCTTTGTCCACTCCATAGCGCAGATTTCTCTATTGCTCCCACTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGGGGCTTTGTCCACTCCATAGCGCAGATTTCTCTATTGCTCCCACTCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTTCTGTGGACCCAATGTTCTTGACACTTTCTACTGCGATGTCCCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTTCTGTGGACCCAATGTTCTTGACACTTTCTACTGCGATGTCCCCCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCCTCAAACTTGCCTGCACTGACACCTTCACTCTGGAGCTCCTGATGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCCTCAAACTTGCCTGCACTGACACCTTCACTCTGGAGCTCCTGATGATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCAAATAATGGGTTAGTCAGTTGGTTTGTATTCTTCTTTCTCCTCATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCAAATAATGGGTTAGTCAGTTGGTTTGTATTCTTCTTTCTCCTCATATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTACACGGTCATCTTGATGATGCTGAGGTCTCACACTGGGGAAGGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTACACGGTCATCTTGATGATGCTGAGGTCTCACACTGGGGAAGGCAGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGAAAGCCATCTCCACCTGCACCTCCCACATCACCGTGGTGACCCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGAAAGCCATCTCCACCTGCACCTCCCACATCACCGTGGTGACCCTGCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCGTGCCCTGCATCTATGTCTATGCCCGGCCCTTCACTGCCCTCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCGTGCCCTGCATCTATGTCTATGCCCGGCCCTTCACTGCCCTCCCCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGACACTGCCATCTCTGTCACCTTCACTGTCATCTCCCCTTTGCTCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGACACTGCCATCTCTGTCACCTTCACTGTCATCTCCCCTTTGCTCAATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTATAATTTACACGCTGAGGAATCAGGAAATGAAGTTGGCCATGAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTATAATTTACACGCTGAGGAATCAGGAAATGAAGTTGGCCATGAGGAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTGAAGAGACGGCTAGGACAATCAGAAAGGATTTTAATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGAAGAGACGGCTAGGACAATCAGAAAGGATTTTAATTCAA