seq1 = pF1KE6005.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KE6005/gi568815587f_4349340.tfa (gi568815587f:4349340_4550281), 200942 bp

>pF1KE6005 942
>gi568815587f:4349340_4550281 (Chr11)

1-942  (100001-100942)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGCCTCCAATATCACCTTAACACATCCAACTGCCTTCTTGTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGCCTCCAATATCACCTTAACACATCCAACTGCCTTCTTGTTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGATTCCAGGCCTGGAACACCTGCACATCTGGATCTCCATCCCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGATTCCAGGCCTGGAACACCTGCACATCTGGATCTCCATCCCTTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTTAGCATATACACTGGCCCTGCTTGGAAACTGCACTCTCCTTCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTTAGCATATACACTGGCCCTGCTTGGAAACTGCACTCTCCTTCTCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCCAGGCTGATGCAGCCCTCCATGAACCCATGTACCTCTTTCTGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCCAGGCTGATGCAGCCCTCCATGAACCCATGTACCTCTTTCTGGCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTTGGCAGCCATCGACCTGGTCCTTTCCTCCTCAGCACTGCCCAAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTTGGCAGCCATCGACCTGGTCCTTTCCTCCTCAGCACTGCCCAAAATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGCCATATTCTGGTTCAGGGATCGGGAGATAAACTTCTTTGCCTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGCCATATTCTGGTTCAGGGATCGGGAGATAAACTTCTTTGCCTGTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCCAGATGTTCTTCCTTCACTCCTTCTCCATCATGGAGTCAGCAGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCCCAGATGTTCTTCCTTCACTCCTTCTCCATCATGGAGTCAGCAGTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGGCCATGGCCTTTGACCGCTATGTGGCTATCTGCAAGCCACTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTGGCCATGGCCTTTGACCGCTATGTGGCTATCTGCAAGCCACTGCACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACACCAAGGTCCTGACTGGGTCCCTCATCACCAAGATTGGCATGGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACACCAAGGTCCTGACTGGGTCCCTCATCACCAAGATTGGCATGGCTGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTGGCCCGGGCTGTGACACTAATGACTCCACTCCCCTTCCTGCTGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTGGCCCGGGCTGTGACACTAATGACTCCACTCCCCTTCCTGCTGAGATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTTCCACTACTGCCGAGGCCCAGTGATCGCTCACTGCTACTGTGAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTTCCACTACTGCCGAGGCCCAGTGATCGCTCACTGCTACTGTGAACACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGCTGTGGTGAGGCTGGCGTGTGGGGACACTAGCTTCAACAATATCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGCTGTGGTGAGGCTGGCGTGTGGGGACACTAGCTTCAACAATATCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGCATCGCTGTGGCCATGTTTATTGTGGTGTTGGACCTGCTCCTTGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGCATCGCTGTGGCCATGTTTATTGTGGTGTTGGACCTGCTCCTTGTTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCTGTCTTATATCTTTATTCTTCAGGCAGTTCTACTGCTTGCCTCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCTGTCTTATATCTTTATTCTTCAGGCAGTTCTACTGCTTGCCTCTCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGCCCGCTACAAGGCATTTGGGACATGTGTCTCTCATATAGGTGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGCCCGCTACAAGGCATTTGGGACATGTGTCTCTCATATAGGTGCCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTAGCCTTCTACACAACTGTGGTCATCTCTTCAGTCATGCACCGTGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTAGCCTTCTACACAACTGTGGTCATCTCTTCAGTCATGCACCGTGTAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCGCCATGCTGCCCCTCATGTCCACATCCTCCTTGCCAATTTCTATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCGCCATGCTGCCCCTCATGTCCACATCCTCCTTGCCAATTTCTATCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCTTCCCACCCATGGTCAATCCCATAATCTATGGTGTCAAGACCAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCTTCCCACCCATGGTCAATCCCATAATCTATGGTGTCAAGACCAAGCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATCCGTGAGAGCATCTTGGGAGTATTCCCAAGAAAGGATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATCCGTGAGAGCATCTTGGGAGTATTCCCAAGAAAGGATATG