seq1 = pF1KE6004.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KE6004/gi568815579f_8631029.tfa (gi568815579f:8631029_8831970), 200942 bp

>pF1KE6004 942
>gi568815579f:8631029_8831970 (Chr19)

1-942  (100001-100942)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGATGTGAATCAGTCGGTGGCCTCAGACTTCATTCTGGTGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGATGTGAATCAGTCGGTGGCCTCAGACTTCATTCTGGTGGGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCAGTCACTCAGGATCACGCCAGCTCCTCTTCTCCCTGGTGGCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCAGTCACTCAGGATCACGCCAGCTCCTCTTCTCCCTGGTGGCTGTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTTTGTCATAGGCCTTCTGGGCAACACCGTTCTTCTCTTCTTGATCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTTTGTCATAGGCCTTCTGGGCAACACCGTTCTTCTCTTCTTGATCCGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGACTCCCGGCTCCATACACCCATGTACTTCCTGCTCAGCCAGCTCTC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGGACTCCCGGCTCCACACACCCATGTACTTCCTGCTCAGCCAGCTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGTTTGACATTGGCTGTCCCATGGTCACCATCCCCAAGATGGCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGTTTGACATTGGCTGTCCCATGGTCACCATCCCCAAGATGGCATCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTTTCTGCGGGGAGAAGGTGCCACCTCCTATGGAGGTGGTGCAGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACTTTCTGCGGGGAGAAGGTGCCACCTCCTATGGAGGTGGTGCAGCTCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATATTCTTCCTCACACTGATGGGTGTGGCTGAGGGCGTCCTGTTGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATATTCTTCCTCACACTGATGGGTGTGGCTGAGGGCGTCCTGTTGGTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGTCTTATGACCGTTATGTTGCTGTGTGCCAGCCCCTGCAGTATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATGTCTTATGACCGTTATGTTGCTGTGTGCCAGCCCCTGCAGTATCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TACTTATGAGACGCCAGGTATGTCTGCTGATGATGGGCTCCTCCTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TACTTATGAGACGCCAGGTATGTCTGCTGATGATGGGCTCCTCCTGGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTAGGTGTGCTCAACGCCTCCATCCAGACCTCCATCACCCTGCATTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTAGGTGTGCTCAACGCCTCCATCCAGACCTCCATCACCCTGCATTTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTACTGTGCCTCCCGTATTGTGGATCACTTCTTCTGTGAGGTGCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTACTGTGCCTCCCGTATTGTGGATCACTTCTTCTGTGAGGTGCCAGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TACTGAAGCTCTCCTGTGCAGATACCTGTGCCTACGAGATGGCGCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TACTGAAGCTCTCCTGTGCAGATACCTGTGCCTACGAGATGGCGCTGTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACCTCAGGGGTGCTGATCCTAATGCTCCCTCTTTCCCTCATCGCCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACCTCAGGGGTGCTGATCCTAATGCTCCCTCTTTCCCTCATCGCCACCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTACGGCCACGTGTTGCAGGCTGTTCTAAGCATGCGCTCAGAGGAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTACGGCCACGTGTTGCAGGCTGTTCTAAGCATGCGCTCAGAGGAGGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GACACAAGGCTGTCACCACCTGCTCCTCGCACATCACGGTAGTGGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GACACAAGGCTGTCACCACCTGCTCCTCGCACATCACGGTAGTGGGGCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTTATGGTGCCGCCGTGTTCATGTACATGGTGCCTTGCGCCTACCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTTTATGGTGCCGCCGTGTTCATGTACATGGTGCCTTGCGCCTACCACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCCACAGCAGGATAACGTGGTTTCCCTCTTCTATAGCCTTGTCACCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TCCACAGCAGGATAACGTGGTTTCCCTCTTCTATAGCCTTGTCACCCCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CACTCAACCCCCTTATCTACAGTCTGAGGAATCCGGAGGTGTGGATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CACTCAACCCCCTTATCTACAGTCTGAGGAATCCGGAGGTGTGGATGGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTGGTCAAAGTGCTTAGCAGAGCTGGACTCAGGCAAATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTGGTCAAAGTGCTTAGCAGAGCTGGACTCAGGCAAATGTGC