seq1 = pF1KE5996.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KE5996/gi568815587r_58302468.tfa (gi568815587r:58302468_58503409), 200942 bp

>pF1KE5996 942
>gi568815587r:58302468_58503409 (Chr11)

(complement)

1-942  (100001-100942)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAAATAAGACAGAAGTAACACAATTCATTCTTCTAGGACTAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAAATAAGACAGAAGTAACACAATTCATTCTTCTAGGACTAACCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGACTCAGAACTGCAGGTTCCCCTCTTTATAACGTTCCCCTTCATCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGACTCAGAACTGCAGGTTCCCCTCTTTATAACGTTCCCCTTCATCTATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTATCACTCTGGTTGGAAACCTGGGAATTATTGTATTGATATTCTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTATCACTCTGGTTGGAAACCTGGGAATTATTGTATTGATATTCTGGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCTGTCTCCACAATCCCATGTACTTTTTTCTCAGTAACTTGTCTCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCTGTCTCCACAATCCCATGTACTTTTTTCTCAGTAACTTGTCTCTAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGACTTTTGCTACTCTTCAGCTGTCACTCCCATCGTCATGGCTGGATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGACTTTTGCTACTCTTCAGCTGTCACTCCCATCGTCATGGCTGGATTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTATAGAAGACAAGGTCATCTCTTACAATGCATGTGCTGCTCAAATGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTATAGAAGACAAGGTCATCTCTTACAATGCATGTGCTGCTCAAATGTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCTTTGTAGCTTTTGCCACTGTGGAAAATTACCTCTTGGCCTCAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCTTTGTAGCTTTTGCCACTGTGGAAAATTACCTCTTGGCCTCAATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTATGACCGCTATGCAGCAGTGTGCAAACCCCTACATTACACCACAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTATGACCGCTATGCAGCAGTGTGCAAACCCCTACATTACACCACAACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGACAACAACTGTGTGTGCTCGTCTGGCCATAGGCTCCTACCTCTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGACAACAACTGTGTGTGCTCGTCTGGCCATAGGCTCCTACCTCTGTGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCCTGAATGCCTCCATCCACACTGGGGACACATTTAGTCTCTCTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCCTGAATGCCTCCATCCACACTGGGGACACATTTAGTCTCTCTTTCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TAAGTCCAATGAAGTCCATCACTTTTTCTGTGATATTCCAGCAGTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TAAGTCCAATGAAGTCCATCACTTTTTCTGTGATATTCCAGCAGTCATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTCTCTCTTGCTCTGATAGACATATTAGCGAGCTTGTTCTTATTTATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTCTCTCTTGCTCTGATAGACATATTAGCGAGCTTGTTCTTATTTATGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTGAGCTTCAATATCTTTATAGCTCTCCTGGTTATCTTGATATCCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTGAGCTTCAATATCTTTATAGCTCTCCTGGTTATCTTGATATCCTACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATTCATTTTTATCACCATCCTAAAGATGCACTCAGCTTCAGTATACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATTCATTTTTATCACCATCCTAAAGATGCACTCAGCTTCAGTATACCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGCCTTTGTCCACCTGTGCCTCTCATTTCATTGCAGTCGGCATCTTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGCCTTTGTCCACCTGTGCCTCTCATTTCATTGCAGTCGGCATCTTCTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGGACTATTATCTTCATGTACTTACAACCCAGCTCCAGTCACTCCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGGACTATTATCTTCATGTACTTACAACCCAGCTCCAGTCACTCCATGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CACAGACAAAATGGCACCTGTGTTCTATACAATGGTCATCCCCATGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CACAGACAAAATGGCACCTGTGTTCTATACAATGGTCATCCCCATGCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACCCTCTGGTCTATAGTCTGAGGAACAAGGAAGTGAAGAGTGCATTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACCCTCTGGTCTATAGTCTGAGGAACAAGGAAGTGAAGAGTGCATTCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AAAGTTGTTGAGAAGGCAAAATTGTCTGTAGGATGGTCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AAAGTTGTTGAGAAGGCAAAATTGTCTGTAGGATGGTCAGTT