seq1 = pF1KE5993.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KE5993/gi568815587r_58339210.tfa (gi568815587r:58339210_58540151), 200942 bp

>pF1KE5993 942
>gi568815587r:58339210_58540151 (Chr11)

(complement)

1-942  (100001-100942)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAACAACACAGAGGTGACTGAATTCATCCTTGTGGGGTTAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAACAACACAGAGGTGACTGAATTCATCCTTGTGGGGTTAACTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGACCCAGAACTGCAGATCCCACTCTTCATAGTCTTCCTTTTCATCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGACCCAGAACTGCAGATCCCACTCTTCATAGTCTTCCTTTTCATCTACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCATCACTCTGGTTGGGAACCTGGGGATGATTGAATTGATTCTACTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCATCACTCTGGTTGGGAACCTGGGGATGATTGAATTGATTCTACTGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCTGTCTCCACACCCCCATGTACTTCTTCCTCAGTAACCTCTCCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCTGTCTCCACACCCCCATGTACTTCTTCCTCAGTAACCTCTCCCTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGACTTTGGTTATTCCTCAGCTGTCACTCCCAAGGTGATGGTGGGGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGACTTTGGTTATTCCTCAGCTGTCACTCCCAAGGTGATGGTGGGGTTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCACAGGAGACAAATTCATATTATATAATGCTTGTGCCACACAATTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCACAGGAGACAAATTCATATTATATAATGCTTGTGCCACACAATTCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCTTTGTAGCCTTTATCACTGCAGAAAGTTTCCTCCTGGCATCAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCTTTGTAGCCTTTATCACTGCAGAAAGTTTCCTCCTGGCATCAATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTATGACCGCTATGCAGCATTGTGTAAACCCCTGCATTACACCACCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTATGACCGCTATGCAGCATTGTGTAAACCCCTGCATTACACCACCACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGACAACAAATGTATGTGCTCGCCTGGCCATAGGCTCCTACATCTGTGGT
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGACAACAAATGTATGTGCTTGCCTGGCCATAGGCTCCTACATCTGTGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCCTGAATGCATCCATTCATACTGGGAACACTTTCAGGCTCTCCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCCTGAATGCATCCATTCATACTGGGAACACTTTCAGGCTCTCCTTCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TAGATCCAATGTAGTTGAACACTTTTTCTGTGATGCTCCTCCTCTCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TAGATCCAATGTAGTTGAACACTTTTTCTGTGATGCTCCTCCTCTCTTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTCTCTCATGTTCAGACAACTACATCAGTGAGATGGTTATTTTTTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTCTCTCATGTTCAGACAACTACATCAGTGAGATGGTTATTTTTTTTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTGGGATTCAATGACCTCTTTTCTATCCTGGTAATCTTGATCTCCTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTGGGATTCAATGACCTCTTTTCTATCCTGGTAATCTTGATCTCCTACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATTTATATTTATCACCATCATGAAGATGCGCTCACCTGAAGGACGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATTTATATTTATCACCATCATGAAGATGCGCTCACCTGAAGGACGCCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGCCTTTTCTACTTGTGCTTCCCACCTTACTGCAGTTTCCATCTTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGCCTTTTCTACTTGTGCTTCCCACCTTACTGCAGTTTCCATCTTTTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGGACAGGAATCTTTATGTACTTACGACCTAACTCCAGCCATTTCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGGACAGGAATCTTTATGTACTTACGACCTAACTCCAGCCATTTCATGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CACAGACAAAATGGCATCTGTGTTCTATGCCATAGTCATTCCCATGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CACAGACAAAATGGCATCTGTGTTCTATGCCATAGTCATTCCCATGTTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATCCACTGGTCTACAGCCTGAGGAACAAAGAGGTTAAGAGTGCCTTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATCCACTGGTCTACAGCCTGAGGAACAAAGAGGTTAAGAGTGCCTTTAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AAGACTGTAGGGAAGGCAAAGGCCTCTATAGGATTCATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AAGACTGTAGGGAAGGCAAAGGCCTCTATAGGATTCATATTT