seq1 = pF1KE5990.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KE5990/gi568815584f_19776268.tfa (gi568815584f:19776268_19977209), 200942 bp

>pF1KE5990 942
>gi568815584f:19776268_19977209 (Chr14)

1-942  (100001-100942)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGTGGGCAATAAGTCTACCATGTCTGAATTTGTTTTGCTGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGTGGGCAATAAGTCTACCATGTCTGAATTTGTTTTGCTGGGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTAATTCCTGGGAACTACAGATGTTTTTCTTTATGGTGTTTTCATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCTAATTCCTGGGAACTACAGATGTTTTTCTTTATGGTGTTTTCATTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTATGTGGCAACAATGGTGGGTAACAGCCTCATAGTCATCACAGTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTTATGTGGCAACAATGGTGGGTAACAGCCTCATAGTCATCACAGTTATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGACCCTCACCTACACTCTCCTATGTATTTCCTGCTTACCAATCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGGACCCTCACCTACACTCTCCTATGTATTTCCTGCTTACCAATCTTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AATCATTGATATGTCTCTTGCTTCTTTCGCCACCCCAAAGATGATTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AATCATTGATATGTCTCTTGCTTCTTTCGCCACCCCAAAGATGATTACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATTACCTAACAGGTCACAAAACCATCTCTTTTGATGGCTGCCTTACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATTACCTAACAGGTCACAAAACCATCTCTTTTGATGGCTGCCTTACCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATATTCTTTCTCCACCTTTTCACTGGAACTGAGATCATCTTACTCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATATTCTTTCTCCACCTTTTCACTGGAACTGAGATCATCTTACTCATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGTCCTTTGATAGGTATATTGCAATATGCAAGCCCCTGCACTATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATGTCCTTTGATAGGTATATTGCAATATGCAAGCCCCTGCACTATGCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTGTCATTAGTCCCCAGGTGTGTGTTGCTCTCGTGGTGGCTTCCTGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTGTCATTAGTCCCCAGGTGTGTGTTGCTCTCGTGGTGGCTTCCTGGATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATGGGAGTTATGCATTCAATGAGTCAGGTCATATTTGCCCTCACGTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATGGGAGTTATGCATTCAATGAGTCAGGTCATATTTGCCCTCACGTTACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ATTCTGTGGTCCCTATGAGGTAGACAGCTTTTTCTGTGACCTTCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ATTCTGTGGTCCCTATGAGGTAGACAGCTTTTTCTGTGACCTTCCTGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGTTCCAGTTGGCTTGTGTGGATACTTATGTTCTGGGCCTCTTTATGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGTTCCAGTTGGCTTGTGTGGATACTTATGTTCTGGGCCTCTTTATGATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCAACAAGTGGCATAATTGCGTTGTCCTGTTTTATTGTTTTATTTAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCAACAAGTGGCATAATTGCGTTGTCCTGTTTTATTGTTTTATTTAATTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATATGTTATTGTCCTGGTTACTGTGAAGCATCATTCTTCCAGAGGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATATGTTATTGTCCTGGTTACTGTGAAGCATCATTCTTCCAGAGGATCAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTAAGGCCCTTTCTACTTGTACAGCTCATTTCATTGTTGTCTTCTTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTAAGGCCCTTTCTACTTGTACAGCTCATTTCATTGTTGTCTTCTTGTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTGGGCCATGCATCTTCATCTACATGTGGCCACTAAGCAGCTTTCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTTGGGCCATGCATCTTCATCTACATGTGGCCACTAAGCAGCTTTCTCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGACAAGATTCTGTCTGTGTTTTATACCATCTTTACTCCCACTCTGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGACAAGATTCTGTCTGTGTTTTATACCATCTTTACTCCCACTCTGAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CAATAATCTATACTTTGAGGAATCAAGAAGTAAAGATAGCCATGAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CAATAATCTATACTTTGAGGAATCAAGAAGTAAAGATAGCCATGAGGAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTGAAAAATAGGTTTCTAAATTTTAATAAGGCAATGCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGAAAAATAGGTTTCTAAATTTTAATAAGGCAATGCCTTCA