seq1 = pF1KE5985.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE5985/gi568815595f_98133637.tfa (gi568815595f:98133637_98269638), 136002 bp

>pF1KE5985 939
>gi568815595f:98133637_98269638 (Chr3)

1-939  (35064-36002)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGAGGAAAATGCAACATTGCTGACAGAGTTTGTTCTCACAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35064 ATGGAAGAGGAAAATGCAACATTGCTGACAGAGTTTGTTCTCACAGGATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTATATCAACCACAGTGGAAAATACCCCTGTTCTTGGCATTCTTGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35114 TTTATATCAACCACAGTGGAAAATACCCCTGTTCTTGGCATTCTTGGTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TATATCTCATCACCATCATGGGGAATCTTGGTCTGATTGCTGTCATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35164 TATATCTCATCACCATCATGGGGAATCTTGGTCTGATTGCTGTCATCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAGACCCTCACCTTCATATCCCAATGTACTTACTCCTTGGGAATTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35214 AAAGACCCTCACCTTCATATCCCAATGTACTTACTCCTTGGGAATTTAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTTGTGGATGCTTGGATATCATCCACAGTGACCCCAAAGATGCTGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35264 TTTTGTGGATGCTTGGATATCATCCACAGTGACCCCAAAGATGCTGAATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTTCTTAGCTAAGAGTAAGATGATATCTCTCTCTGAATGCAAGATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35314 ACTTCTTAGCTAAGAGTAAGATGATATCTCTCTCTGAATGCAAGATACAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTTTTTCCATTGCAATTGGCGTAACCACAGAATGTTTTCTCTTGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35364 TTTTTTTCCATTGCAATTGGCGTAACCACAGAATGTTTTCTCTTGGCAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AATGGCATATGATCGCTATGTAGCCATATGCAAACCTTTACTTTATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35414 AATGGCATATGATCGCTATGTAGCCATATGCAAACCTTTACTTTATCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATTATGACCAATGGACTGTGCATCCGGCTATTAATCTTGTCATATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35464 CCATTATGACCAATGGACTGTGCATCCGGCTATTAATCTTGTCATATATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCTGGTATTCTTCATGCTTTAATCCATGAAGGATTTTTATTCAGACTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35514 GCTGGTATTCTTCATGCTTTAATCCATGAAGGATTTTTATTCAGACTAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCTGTAACTCCAACATAGTACATCACATTTACTGTGACACTATCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35564 CTTCTGTAACTCCAACATAGTACATCACATTTACTGTGACACTATCCCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGTCTAAGATTTCTTGTACTGATTCTTCTATTAATTTTCTAATGGTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35614 TGTCTAAGATTTCTTGTACTGATTCTTCTATTAATTTTCTAATGGTTTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATTTTCTCAGGTTCAATTCAGGTATTCAGCATTGTGACTATTCTTATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35664 ATTTTCTCAGGTTCAATTCAGGTATTCAGCATTGTGACTATTCTTATATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTACACATTTGTTCTCTTCACAGTCTTAGAAAAGAAATCTGATAAGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35714 TTACACATTTGTTCTCTTCACAGTCTTAGAAAAGAAATCTGATAAGGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TAAGGAAAGCCTTTTCCACCTGTGGAGCCCATCTCTTCTCTGTCTGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35764 TAAGGAAAGCCTTTTCCACCTGTGGAGCCCATCTCTTCTCTGTCTGTTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TACTATGGCCCCCTTCTCTTAATGTATGTGGGCCCTGCATCTCCGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35814 TACTATGGCCCCCTTCTCTTAATGTATGTGGGCCCTGCATCTCCGCAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGATGGTCAAAATATGGTGGAGCCTCTATTCTACACTGTCATCATTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35864 AGATGGTCAAAATATGGTGGAGCCTCTATTCTACACTGTCATCATTCCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGTTAAATCCTATCATCTACAGTCTGAGAAATAAGCAAGTCATAGTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35914 TGTTAAATCCTATCATCTACAGTCTGAGAAATAAGCAAGTCATAGTTTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 TTCATAAAAATGTTAAAAAGAAATGTTAAGGTTTCATAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35964 TTCATAAAAATGTTAAAAAGAAATGTTAAGGTTTCATAC