seq1 = pF1KE5985.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE5985/gi568815595f_98032698.tfa (gi568815595f:98032698_98168699), 136002 bp

>pF1KE5985 939
>gi568815595f:98032698_98168699 (Chr3)

1-939  (100001-100939)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGAGGAAAATGCAACATTGCTGACAGAGTTTGTTCTCACAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGAGGAAAATGCAACATTGCTGACAGAGTTTGTTCTCACAGGATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTATATCAACCACAGTGGAAAATACCCCTGTTCTTGGCATTCTTGGTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 100051 TTTATATCAACCACAGTGGAAAATACCCCTGTTCCTGGCATTCTTGGTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TATATCTCATCACCATCATGGGGAATCTTGGTCTGATTGCTGTCATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TATATCTCATCACCATCATGGGGAATCTTGGTCTGATTGCTGTCATCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAGACCCTCACCTTCATATCCCAATGTACTTACTCCTTGGGAATTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAAGACCCTCACCTTCATATCCCAATGTACTTACTCCTTGGGAATTTAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTTGTGGATGCTTGGATATCATCCACAGTGACCCCAAAGATGCTGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTTGTGGATGCTTGGATATCATCCACAGTGACCCCAAAGATGCTGAATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTTCTTAGCTAAGAGTAAGATGATATCTCTCTCTGAATGCAAGATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100251 ACTTCTTAGCTAAGAGTAAGATGATATCTCTCTCTGAATGCAAGATACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTTTTTCCATTGCAATTGGCGTAACCACAGAATGTTTTCTCTTGGCAAC
        ||||||||  |||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||
 100301 TTTTTTTCGTTTGCAATCAGTGTAACCACGGAATGTTTTCTCTTGGCAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AATGGCATATGATCGCTATGTAGCCATATGCAAACCTTTACTTTATCCAG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGGCATATGATCGCTATGTAGCCATATGCAAACCTTTACTTTATCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATTATGACCAATGGACTGTGCATCCGGCTATTAATCTTGTCATATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100401 CCATTATGACCAATGGACTGTGCATCCGGCTATTAATCTTGTCATATGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCTGGTATTCTTCATGCTTTAATCCATGAAGGATTTTTATTCAGACTAAC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGTGGTATTCTTCATGCTTTAATCCATGAAGGATTTTTATTCAGACTAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCTGTAACTCCAACATAGTACATCACATTTACTGTGACACTATCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTCTGTAACTCCAACATAGTACATCACATTTACTGTGACACTATCCCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGTCTAAGATTTCTTGTACTGATTCTTCTATTAATTTTCTAATGGTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGTCTAAGATTTCTTGTACTGATTCTTCTATTAATTTTCTAATGGTTTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATTTTCTCAGGTTCAATTCAGGTATTCAGCATTGTGACTATTCTTATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 100601 ATTTTCTCAGGTTCAATTCAGGTATTCAGCATTGTGACTATTCTTGTATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTACACATTTGTTCTCTTCACAGTCTTAGAAAAGAAATCTGATAAGGGTG
        ||| ||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||
 100651 TTATACATTTGTTCTCTTCGCAATCTTAAAAAAGAAATCTGATAAAGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TAAGGAAAGCCTTTTCCACCTGTGGAGCCCATCTCTTCTCTGTCTGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 100701 TAAGGAAAGCCTTTTCCACCTGTGGAGCCCATCTCTTCTCTGTCTCTTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TACTATGGCCCCCTTCTCTTAATGTATGTGGGCCCTGCATCTCCGCAAGC
        |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
 100751 TACTATGGACCCCTTCTCTTCATTTATGTGGGCCCTGCATCTCCGCAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGATGGTCAAAATATGGTGGAGCCTCTATTCTACACTGTCATCATTCCTT
        ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGATGATCAAGATATGGTGGAGCCTCTATTCTACACTGTCATCATTCCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGTTAAATCCTATCATCTACAGTCTGAGAAATAAGCAAGTCATAGTTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 100851 TGTTAAATCCTATCATCTACAGTCTGAGAAATAAGCAAGTCACAGTTTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 TTCATAAAAATGTTAAAAAGAAATGTTAAGGTTTCATAC
        |||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||
 100901 TTCACAAAAATGTTAAAAAAACATGTTAAGGTTTCATAC