seq1 = pF1KE5982.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE5982/gi568815584f_19680323.tfa (gi568815584f:19680323_19881261), 200939 bp

>pF1KE5982 939
>gi568815584f:19680323_19881261 (Chr14)

1-939  (100001-100939)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAACTGCAAATTACACCAAGGTGACAGAATTTGTTCTCACTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAACTGCAAATTACACCAAGGTGACAGAATTTGTTCTCACTGGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCCCAGACTCCAGAGGTCCAACTAGTCCTATTTGTTATATTTCTATCCT
        |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCCCAGACTCGGGAGGTCCAACTAGTCCTATTTGTTATATTTCTATCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTATTTGTTCATCCTACCAGGAAATATCCTTATCATTTGCACCATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100101 TCTATTTGTTCATCCTACCAGGAAATATCCTTATCATTTGCACCATCAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTAGACCCTCATCTGACCTCTCCTATGTATTTCCTGTTGGCTAATCTGGC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTAGACCCTCATCTGACTTCTCCTATGTATTTCCTGTTGGCTAATCTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCCTTGATATTTGGTACTCTTCCATTACAGCCCCTGAAATGCTCATAG
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100201 CCTCCTTGATATTTGGTACTCTTCCATTACAGCCCCTAAAATGCTCATAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTTCTTTGTGGAGAGGAAGATAATTTCTTTTGATGGATGCATTGCACAG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
 100251 ACTTCTTTGTGGAGAGGAAGATAATTTCCTTTGGTGGATGCATTGCACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCTTCTTCTTACACTTTGCTGGGGCTTCGGAGATGTTCTTGCTCACAGT
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTCTTCTTCTTACACTTTGTTGGGGCTTCGGAGATGTTCTTGCTCACAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGGCCTTTGACCTCTACACTGCTATCTGCCGACCCCTCCACTATGCTA
        |||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGGCCTATGACCGCTATGCTGCTATCTGCCGACCCCTCCACTATGCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATCATGAATCAACGTCTCTGCTGTATCCTGGTGGCTCTCTCCTGGAGG
        |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100401 CCATCATGAATCGACGTCTCTGCTGTATCCTGGTGGCTCTCTCCTGGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGGGGCTTCATTCATTCTATCATACAGGTGGCTCTCATTGTTCGACTTCC
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGGGGCTTCATTCATTCTATAATACAGGTGGCTCTCATTGTTCGACTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTTCTGTGGGCCCAATGAGTTAGACAGTTACTTCTGTGACATCACACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTTCTGTGGGCCCAATGAGTTAGACAGTTACTTCTGTGACATCACACAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTGTCCGGATTGCCTGTGCCAACACCTTCCCAGAGGAGTTAGTGATGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTGTCCGGATTGCCTGTGCCAACACCTTCCCAGAGGAGTTAGTGATGATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TGTAGTAGTGGTCTGATCTCTGTGGTGTGTTTGATTGCTCTGTTAATGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100601 TGTAGTAGTGGTCTGATCTCTGTGGTGTGTTTCATTGCTCTGTTAATGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTATGCCTTCCTTCTGGCCTTGTTCAAGAAACTTTCAGGCTCAGGTGAGA
        |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
 100651 CTATGCCTTCCTTCTGGCCTTGCTCAAGAAACATTCAGGCTCAGGTGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATACCAACAGGGCCATGTCCACCTGCTATTCCCACATTACCATTGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATACCAACAGGGCCATGTCCACCTGCTATTCCCACATTACCATTGTGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTAATGTTTGGGCCATCCATCTACATTTATGCTCGCCCATTTGACTCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100751 CTAATGTTTGGGCCATCCATCTACATTTATGCTCGCCCATTTGACTCATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTCCCTAGATAAAGTGGTGTCTGTGTT CAATACTTTAATATTCCCTTTA
        |||||||||||||||||||||||||||-|-||||| ||||||||||||||
 100801 TTCCCTAGATAAAGTGGTGTCTGTGTTTC ATACTGTAATATTCCCTTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850 CGTAATCCCATTATTTACACATTGAGAAACAAGGAAGTAAAGGCAGCCAT
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100850 CTTAATCCCATTATTTACACATTGAGAAACAAGGAAGTAAAGGCAGCCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :
    900 GAGGAAGTTGGTCACCAAATATATTTTGTGTAAAGAGAAG
        ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100900 GAGGAAGGTGGTCACCAAATATATTTTGTGTGAAGAGAAG