seq1 = pF1KE5981.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE5981/gi568815587r_5740959.tfa (gi568815587r:5740959_5941897), 200939 bp

>pF1KE5981 939
>gi568815587r:5740959_5941897 (Chr11)

(complement)

1-939  (100001-100939)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTATAGCTAACGACACCCAGTTCCATACTTCTTCATTCCTACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTATAGCTAACGACACCCAGTTCCATACTTCTTCATTCCTACTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGTATCCCAGGGCTAGAAGATGTGCACATCTGGATTGGATTCCCTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGTATCCCAGGGCTAGAAGATGTGCACATCTGGATTGGATTCCCTTTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTCTGTGTATCTTATTGCACTCCTGGGAAATGCTGCTATCTTCTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTCTGTGTATCTTATTGCACTCCTGGGAAATGCTGCTATCTTCTTTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCCAAACTGAGCAGAGTCTCCATGAGCCCATGTACTACTGCCTGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCCAAACTGAGCAGAGTCTCCATGAGCCCATGTACTACTGCCTGGCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTTGGATTCCATTGACCTGAGCTTGTCTACGGCCACCATTCCCAAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTTGGATTCCATTGACCTGAGCTTGTCTACGGCCACCATTCCCAAAATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGGCATCTTCTGGTTCAATATCAAGGAAATATCTTTTGGAGGCTACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGGCATCTTCTGGTTCAATATCAAGGAAATATCTTTTGGAGGCTACCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCTCAGATGTTCTTCATCCATTTCTTCACTGTCATGGAGAGCATCGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCTCAGATGTTCTTCATCCATTTCTTCACTGTCATGGAGAGCATCGTATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGTGGCCATGGCCTTTGACCGCTACATTGCCATTTGCAAACCTCTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGTGGCCATGGCCTTTGACCGCTACATTGCCATTTGCAAACCTCTTTGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACACCATGATCCTCACCAGCAAAATCATCAGCCTCATTGCAGGCATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACACCATGATCCTCACCAGCAAAATCATCAGCCTCATTGCAGGCATTGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTCCTGAGGAGCTTGTACATGGTCATCCCACTGGTGTTTCTCCTCTTAAG
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 100451 GTCCTGAGGAGCTTGTACATGGTCATTCCACTGGTGTTTCTCCTCTTAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GTTGCCCTTCTGTGGACATCGTATCATCCCTCATACTTACTGTGAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GTTGCCCTTCTGTGGACATCGTATCATCCCTCATACTTACTGTGAGCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGGCATTGCCCGTCTGGCCTGTGCCAGCATCAAAGTCAACATTATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGGCATTGCCCGTCTGGCCTGTGCCAGCATCAAAGTCAACATTATGTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGTCTTGGCAGTATTTCTCTCTTGTTATTGGATGTGCTCCTTATTATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGTCTTGGCAGTATTTCTCTCTTGTTATTGGATGTGCTCCTTATTATTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTCCCATATCAGGATCCTCTATGCTGTCTTCTGCCTGCCCTCCTGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTCCCATATCAGGATCCTCTATGCTGTCTTCTGCCTGCCCTCCTGGGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTCGACTCAAAGCTCTCAACACCTGTGGCTCTCACATTGGTGTTATCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTCGACTCAAAGCTCTCAACACCTGTGGCTCTCACATTGGTGTTATCTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCCTTTTCTACACCAGCATTTTTCTCTTTCTTTACACACTGCTTTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCCTTTTCTACACCAGCATTTTTCTCTTTCTTTACACACTGCTTTGGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGATATTCCCCAATATATCCACATTTTCTTGGCTAATCTATATGTGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGATATTCCCCAATATATCCACATTTTCTTGGCTAATCTATATGTGGTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTCCTCCCACCCTCAATCCTGTAATCTATGGGGTCAGAACCAAACATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTCCTCCCACCCTCAATCCTGTAATCTATGGGGTCAGAACCAAACATATT

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 AGGGAGACAGTGCTGAGGATTTTCTTCAAGACAGATCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AGGGAGACAGTGCTGAGGATTTTCTTCAAGACAGATCAC