seq1 = pF1KE5979.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE5979/gi568815587r_123705411.tfa (gi568815587r:123705411_123906349), 200939 bp

>pF1KE5979 939
>gi568815587r:123705411_123906349 (Chr11)

(complement)

1-939  (100001-100939)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAAACTGGAGCACTGTGACTGAAATCACCCTAATTGCCTTCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAAACTGGAGCACTGTGACTGAAATCACCCTAATTGCCTTCCCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTCCTGGAGATTCGAATATCTCTCTTCGTGGTTCTTGTGGTAACTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTCCTGGAGATTCGAATATCTCTCTTCGTGGTTCTTGTGGTAACTTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CATTAACAGCAACAGGAAACATCACCATCATCTCCCTGATATGGATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CATTAACAGCAACAGGAAACATCACCATCATCTCCCTGATATGGATTGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CATCGCCTGCAAACTCCAATGTACTTCTTCCTCAGTAATTTGTCCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CATCGCCTGCAAACTCCAATGTACTTCTTCCTCAGTAATTTGTCCTTTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGATATCTTATACACCACTGTCATTACCCCAAAGTTGTTGGCCTGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGATATCTTATACACCACTGTCATTACCCCAAAGTTGTTGGCCTGCCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAGGAGAAGAGAAAACCATATCTTTTGCTGGTTGCATGATCCAAACATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TAGGAGAAGAGAAAACCATATCTTTTGCTGGTTGCATGATCCAAACATAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCTACTTCTTTCTGGGGACGGTGGAGTTTATCCTCTTGGCGGTGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCTACTTCTTTCTGGGGACGGTGGAGTTTATCCTCTTGGCGGTGATGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTTGACCGCTACATGGCTATCTGCGACCCACTGCACTACACGGTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTTTGACCGCTACATGGCTATCTGCGACCCACTGCACTACACGGTCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGAACAGCAGGGCCTGCCTTCTGCTGGTTCTGGGATGCTGGGTGGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGAACAGCAGGGCCTGCCTTCTGCTGGTTCTGGGATGCTGGGTGGGAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCCTGTCTGTGTTGTTTCCAACCATTGTAGTGACAAGGCTACCTTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCCTGTCTGTGTTGTTTCCAACCATTGTAGTGACAAGGCTACCTTACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TAGGAAAGAAATTAATCATTTCTTCTGTGACATTGCCCCTCTTCTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TAGGAAAGAAATTAATCATTTCTTCTGTGACATTGCCCCTCTTCTTCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGCCTGTATAAATACTCACCTCATTGAGAAGATAAACTTTCTCCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGCCTGTATAAATACTCACCTCATTGAGAAGATAAACTTTCTCCTCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCCTTGTCATCCTGAGCTCCCTGGCATTCACTACTGGGTCCTACGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCCTTGTCATCCTGAGCTCCCTGGCATTCACTACTGGGTCCTACGTGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATAATTTCTACCATCCTGCGTATCCCCTCCACCCAGGGCCGTCAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATAATTTCTACCATCCTGCGTATCCCCTCCACCCAGGGCCGTCAGAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTTTTTCTACCTGTGCTTCTCACATCACTGTTGTCTCCATTGCCCACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTTTTTCTACCTGTGCTTCTCACATCACTGTTGTCTCCATTGCCCACGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGCAACATCTTTGTGTATGTGAGACCCAATCAGAACTCCTCACTGGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGCAACATCTTTGTGTATGTGAGACCCAATCAGAACTCCTCACTGGATTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGACAAGGTGGCCGCTGTCCTCATCAAAGTGGTGACCCCTCTCCTGAACC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 100801 TGACAAGGTGGCCGCTGTCCTCATCACAGTGGTGACCCCTCTCCTGAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTTTTATCTACAGCTTGAGGAATGAGAAGGTACAGGAAGTGTTGAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTTTTATCTACAGCTTGAGGAATGAGAAGGTACAGGAAGTGTTGAGAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 ACAGTGAACAGAATCATGACCTTGATACAAAGGAAAACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ACAGTGAACAGAATCATGACCTTGATACAAAGGAAAACT