seq1 = pF1KE5976.tfa, 936 bp
seq2 = pF1KE5976/gi568815589f_138219898.tfa (gi568815589f:138219898_138420832), 174820 bp

>pF1KE5976 936
>gi568815589f:138219898_138420832 (Chr9)

1-936  (100001-100935)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGGAGAGAATCACTCAGTGGTATCTGAGTTTTTGTTTCTGGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGGAGAGAATCACTCAGTGGTATCTGAGTTTTTGTTTCTGGGACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACTCATTCATGGGAGATCCAGCTCCTCCTCCTAGTGTTTTCCTCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACTCATTCATGGGAGATCCAGCTCCTCCTCCTAGTGTTTTCCTCTGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTATGTGGCAAGCATTACTGGAAACATCCTCATTGTGTTTTCTGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTATGTGGCAAGCATTACTGGAAACATCCTCATTGTGTTTTCTGTGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACTGACCCTCACTTACACTCCCCCATGTACTTTCTACTGGCCAGTCTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100151 ACTGACCCTCACTTACACTCCCCCATGTACTTTCTACTGGTCAGTCTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCATTGACTTAGGAGCCTGCTCTGTCACTTCTCCCAAGATGATTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTCATTGACTTAGGAGCCTGCTCTGTCACTTCTCCCAAGATGATTTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCTGTTCAGAAAGCGCAAAGTCATCTCCTTTGGAGGCTGCATCGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCTGTTCAGAAAGCGCAAAGTCATCTCCTTTGGAGGCTGCATCGCTCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCTTCTTCATCCACGTCATTGGTGGTGTGGAGATGGTGCTGCTCATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCTTCTTCATCCACGTCATTGGTGGTGTGGAGATGGTGCTGCTCATAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGGCCTTTGACAGATATGTGGCCCTATGTAAGCCCCTCCACTATCTGA
        ||||||||||||||| |||||||||||||-||||||||||||||||||||
 100351 CATGGCCTTTGACAGTTATGTGGCCCTAT TAAGCCCCTCCACTATCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATTATGAGCCCAAGAATGTGCCTTTCATTTCTGGCTGTTGCCTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100400 CCATTATGAGCCCAAGAATGTGCCTTTCATTTCTGGCTGTTGCCTGGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTTGGTGTCAGTCACTCCCTGTTCCAACTGGCATTTCTTGTTAATTTAGC
        |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100450 CTTGTTGTCAGTCACTCCCTGTTCCAACTGGCATTTCTTGTTAATTTACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCTGTGGCCCTAATGTGTTGGACAGCTTCTACTGTGACCTTCCTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100500 CTTCTGTGGCCCTAATGTGTTGGACAGCTTCTACTGTGACCTTCCTCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTCTCAGACTAGCCTGTACCGACACCTACAGATTGCAGTTCATGGTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100550 TTCTCAGACTAGCCTGTACCGACACCTACAGATTGCAGTTCATGGTCACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTTAACAGTGGGTTTATCTGTGTGGGTACTTTCTTCATACTTCTAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100600 GTTAACAGTGGGTTTATCTGTGTGGGTACTTTCTTCATACTTCTAATCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTACGTCTTCATCCTGTTTACTGTTTGGAAACATTCCTCAGGTGGTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100650 CTACGTCTTCATCCTGTTTACTGTTTGGAAACATTCCTCAGGTGGTTCAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCAAGGCCCTTTCCACTCTTTCAGCTCACAGCACAGTGGTCCTTTTGTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100700 CCAAGGCCCTTTCCACTCTTTCAGCTCACAGCACAGCGGTCCTTTTGTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTGGTCCACCCATGTTTGTGTATACACGGCCACACCCTAATTCACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 100750 TTTGGTCCACCCATGTTTGTGTATACATGGCCACACCCTAATTCACAGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGACAAGTTTCTGGCTATTTTTGATGCAGTTCTCACTCCTTTTCTGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100800 GGACAAGTTTCTGGCTATTTTTGATGCAGTTCTCACTCCTTTTCTGAATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CAGTTGTCTATACATTCAGGAATAAGGAGATGAAGGCAGCAATAAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100850 CAGTTGTCTATACATTCAGGAATAAGGAGATGAAGGCAGCAATAAAGAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 GTATGCAAACAGCTAGTGATTTACAAGAGGATCTCA
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 100900 GTATGCAAACAGCTAGTGATTTACAAGAAGATCTCA