seq1 = pF1KE5965.tfa, 936 bp
seq2 = pF1KE5965/gi568815586f_55147288.tfa (gi568815586f:55147288_55348223), 200936 bp

>pF1KE5965 936
>gi568815586f:55147288_55348223 (Chr12)

1-936  (100001-100936)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAAACCATACAACAGTAGCAAACTTTATTCTTCTTGGACTGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAAACCATACAACAGTAGCAAACTTTATTCTTCTTGGACTGACAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGATCCACAATTACAGGTGATTATTTTTCTTCTCCTTTTTTTCACCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGATCCACAATTACAGGTGATTATTTTTCTTCTCCTTTTTTTCACCTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTTGAGCATCACTGGGAATCTAACCATCATCACTCTCACCCTACTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTTGAGCATCACTGGGAATCTAACCATCATCACTCTCACCCTACTGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTGCATCTCAAGACACCCATGTATTTCTTCCTCCGAAATTTCTCATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTGCATCTCAAGACACCCATGTATTTCTTCCTCCGAAATTTCTCATTTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGAAGTCTCATTCACAACTGTCTACATTCCCAAATTTCTTGTTAGTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGAAGTCTCATTCACAACTGTCTACATTCCCAAATTTCTTGTTAGTATGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAACAGGTGATAAGACCATTTCTTACAACGATTGTGCAGCACAGCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAACAGGTGATAAGACCATTTCTTACAACGATTGTGCAGCACAGCTGTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCACTATTCTCTTGGGGGCAACTGAATTTTTTCTTCTGGCTGCCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCACTATTCTCTTGGGGGCAACTGAATTTTTTCTTCTGGCTGCCATGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTATGAGCGCTATGTGGCCATCTGCAAACCCCTGCATTACACCACCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTATGAGCGCTATGTGGCCATCTGCAAACCCCTGCATTACACCACCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGAGCAGCAGAGTTTGCAGCTTGCTGGTCTTTGCTTCATGGATGGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGAGCAGCAGAGTTTGCAGCTTGCTGGTCTTTGCTTCATGGATGGCTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCCTAATAATTTTTCCGCCACTCCTGATGGGTCTCCAGCTTGATTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCCTAATAATTTTTCCGCCACTCCTGATGGGTCTCCAGCTTGATTTCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGCAGCCAACACTGTAGATCATTTCTTCTGTGATGTTTCTCCTATACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGCAGCCAACACTGTAGATCATTTCTTCTGTGATGTTTCTCCTATACTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGCTCTCTTGCACAGACACTGACATAATAGAATTAATGATGCTTCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGCTCTCTTGCACAGACACTGACATAATAGAATTAATGATGCTTCTCTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCATTTTGACGCTCCTGGTTACACTGGTATTAGTGATTCTCTCCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCATTTTGACGCTCCTGGTTACACTGGTATTAGTGATTCTCTCCTACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AAATATTATCAGGACTATTCTGAAAATACCTTCTTCTCAACAGAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AAATATTATCAGGACTATTCTGAAAATACCTTCTTCTCAACAGAGAAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AAGCATTTTCTACATGTTCTTCCCACATGGTGGTCGTGTCCATTTCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAGCATTTTCTACATGTTCTTCCCACATGGTGGTCGTGTCCATTTCTTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGCAGCTGCATCTTCATGTATGTGAAACCCTCAGCAAAAGAAAGAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGCAGCTGCATCTTCATGTATGTGAAACCCTCAGCAAAAGAAAGAGTGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ATTAAATAAAGGGATAGCTCTGCTCAGCACTTCTGTTGCCCCCATGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ATTAAATAAAGGGATAGCTCTGCTCAGCACTTCTGTTGCCCCCATGTTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATCCCTTTATTTATACACTGAGAAACAAACAAGTAAAAGATGTTTTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATCCCTTTATTTATACACTGAGAAACAAACAAGTAAAAGATGTTTTTAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 CACACAGTCAAAAAGATTGAACTTTTCTCAATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CACACAGTCAAAAAGATTGAACTTTTCTCAATGAAA