seq1 = pF1KE5964.tfa, 936 bp
seq2 = pF1KE5964/gi568815587r_4668982.tfa (gi568815587r:4668982_4869917), 200936 bp

>pF1KE5964 936
>gi568815587r:4668982_4869917 (Chr11)

(complement)

1-936  (100001-100936)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAATCCTAAGCAACTCAACATCTAAATTTCCAGCCTTCTTGTTGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100001 ATGGAAATCCTAAGCAACTCAACATCTAAATTTCCAACCTTCTTGTTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCATTCCTGGCCTAGAGTCTGCCCATGTCTGGATCTCCATTCCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCATTCCTGGCCTAGAGTCTGCCCATGTCTGGATCTCCATTCCTTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTTGTTTTTATGCCATTGCCCTCTCTGGGAACAGCGTGATCCTGTTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTTGTTTTTATGCCATTGCCCTCTCTGGGAACAGCGTGATCCTGTTTGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCATTACCCAGCAGAGTCTCCATGAACCCATGTATTATTTCCTCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCATTACCCAGCAGAGTCTCCATGAACCCATGTATTATTTCCTCTTCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTATCAGCCACTGATCTGGGCTTGACTGTTTCTTCATTGTCAACAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTATCAGCCACTGATCTGGGCTTGACTGTTTCTTCATTGTCAACAACAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAGGTATCCTCTGGTTTGAGGCACGTGAAATCAGTCTATATAGCTGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TAGGTATCCTCTGGTTTGAGGCACGTGAAATCAGTCTATATAGCTGCATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTCCAGATGTTTTTTCTTCATGGATTCACTTTTATGGAATCTGGAGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTCCAGATGTTTTTTCTTCATGGATTCACTTTTATGGAATCTGGAGTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGTGGCTACAGCCTTTGACCGTTATGTGGCCATCTGTGACCCTCTGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGTGGCTACAGCCTTTGACCGTTATGTGGCCATCTGTGACCCTCTGAGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACACTACCATTCTCACTAATTCCAGAATCATTCAAATGGGTCTTCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACACTACCATTCTCACTAATTCCAGAATCATTCAAATGGGTCTTCTGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATTACACGTGCTATAGTACTAATATTGCCACTACTTTTGCTCCTTAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATTACACGTGCTATAGTACTAATATTGCCACTACTTTTGCTCCTTAAGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCTCTATTTCTGTAGAATGAATGCCCTTTCTCACTCCTATTGTTACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCTCTATTTCTGTAGAATGAATGCCCTTTCTCACTCCTATTGTTACCATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAGATGTGATTCAATTAGCATGTTCAGACATTCGGGCAAATAGCATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAGATGTGATTCAATTAGCATGTTCAGACATTCGGGCAAATAGCATCTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGATTAATTGATCTCATCCTGACCACTGGAATAGATACACCATGCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGATTAATTGATCTCATCCTGACCACTGGAATAGATACACCATGCATTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCTGTCATATATCTTAATTATTCACTCTGTCCTCAGAATTGCCTCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCTGTCATATATCTTAATTATTCACTCTGTCCTCAGAATTGCCTCCCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AAGAATGGCACAAGGTCTTCAGCACCTGTGTCTCCCATGTGGGAGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAGAATGGCACAAGGTCTTCAGCACCTGTGTCTCCCATGTGGGAGCAGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCTTTCTTCTACATCCACATGCTGAGCCTGTCCTTGGTGTATCGCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCTTTCTTCTACATCCACATGCTGAGCCTGTCCTTGGTGTATCGCTATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCGGTCAGCCCCCAGAGTAGTCCATTCAGTGATGGCTAATGTATACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TCGGTCAGCCCCCAGAGTAGTCCATTCAGTGATGGCTAATGTATACCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTTTACCCCCTGTGCTCAACCCCATCATCGACAGTGTAAAAACAAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTTTACCCCCTGTGCTCAACCCCATCATCGACAGTGTAAAAACAAAACAA

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 ATCCGCAAGGCTATGCTCAGTCTGCTGCTTACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATCCGCAAGGCTATGCTCAGTCTGCTGCTTACAAAA