seq1 = pF1KE5962.tfa, 936 bp
seq2 = pF1KE5962/gi568815587f_5353489.tfa (gi568815587f:5353489_5554424), 200936 bp

>pF1KE5962 936
>gi568815587f:5353489_5554424 (Chr11)

1-936  (100001-100936)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGTTGTTCAATGTCACTCACCCTGCATTCTTCCTCCTGACTGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGTTGTTCAATGTCACTCACCCTGCATTCTTCCTCCTGACTGGTAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCTGGTCTGGAGAGCTCTCACTCCTGGCTGTCAGGGCCCCTCTGCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCTGGTCTGGAGAGCTCTCACTCCTGGCTGTCAGGGCCCCTCTGCGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTATGCTGTGGCCCTTGGGGGAAATACAGTGATCCTGCAGGCTGTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTATGCTGTGGCCCTTGGGGGAAATACAGTGATCCTGCAGGCTGTGCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGAGCCCAGCCTCCATGAGCCCATGTACTACTTCCTGTCCATGTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGGAGCCCAGCCTCCATGAGCCCATGTACTACTTCCTGTCCATGTTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCAGTGATGTGGCCATATCCATGGCCACACTGCCCACTGTACTCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTCAGTGATGTGGCCATATCCATGGCCACACTGCCCACTGTACTCCGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTTCTGCCTCAATGCCCGCAACATCACTTTTGATGCCTGTCTAATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCTTCTGCCTCAATGCCCGCAACATCACTTTTGATGCCTGTCTAATTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGTTTCTTATTCACTTCTTCTCCATGATGGAATCAGGTATTCTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATGTTTCTTATTCACTTCTTCTCCATGATGGAATCAGGTATTCTGCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGAGTTTTGACCGCTATGTGGCCATTTGTGACCCCTTGCGCTATGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATGAGTTTTGACCGCTATGTGGCCATTTGTGACCCCTTGCGCTATGCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTGTGCTCACCACTGAAGTCATTGCTGCAATGGGTTTAGGTGCAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTGTGCTCACCACTGAAGTCATTGCTGCAATGGGTTTAGGTGCAGCTGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGAAGCTTCATCACCCTTTTCCCTCTTCCCTTTCTTATTAAGAGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGAAGCTTCATCACCCTTTTCCCTCTTCCCTTTCTTATTAAGAGGCTGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TATCTGCAGATCCAATGTTCTTTCTCACTCCTACTGCCTGCACCCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TATCTGCAGATCCAATGTTCTTTCTCACTCCTACTGCCTGCACCCAGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGATGAGGCTTGCCTGTGCTGATATCAGTATCAACAGCATCTATGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGATGAGGCTTGCCTGTGCTGATATCAGTATCAACAGCATCTATGGACTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTTGTTCTTGTATCCACCTTTGGCATGGACCTGTTTTTTATCTTCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTTGTTCTTGTATCCACCTTTGGCATGGACCTGTTTTTTATCTTCCTCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTATGTGCTCATTCTGCGTTCTGTCATGGCCACTGCTTCCCGTGAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTATGTGCTCATTCTGCGTTCTGTCATGGCCACTGCTTCCCGTGAGGAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCCTCAAAGCTCTCAACACATGTGTGTCACATATCCTGGCTGTACTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCCTCAAAGCTCTCAACACATGTGTGTCACATATCCTGGCTGTACTTGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTTATGTGCCAATGATTGGGGTCTCCACAGTGCACCGCTTTGGGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTTTATGTGCCAATGATTGGGGTCTCCACAGTGCACCGCTTTGGGAAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGTCCCATGCTACATACATGTCCTCATGTCAAATGTGTACCTATTTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGTCCCATGCTACATACATGTCCTCATGTCAAATGTGTACCTATTTGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTCCTGTGCTCAACCCTCTCATTTATAGCGCCAAGACAAAGGAAATCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTCCTGTGCTCAACCCTCTCATTTATAGCGCCAAGACAAAGGAAATCCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 CGAGCCATTTTCCGCATGTTTCACCACATCAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CGAGCCATTTTCCGCATGTTTCACCACATCAAAATA