seq1 = pF1KE5961.tfa, 936 bp
seq2 = pF1KE5961/gi568815597r_158665747.tfa (gi568815597r:158665747_158866682), 200936 bp

>pF1KE5961 936
>gi568815597r:158665747_158866682 (Chr1)

(complement)

1-936  (100001-100936)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACACAGGGAACTGGAGCCAGGTAGCAGAATTCATCATCTTGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACACAGGGAACTGGAGCCAGGTAGCAGAATTCATCATCTTGGGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCCATCTCCAGGGTGTCCAGATTTATCTCTTCCTCTTGTTGCTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCCATCTCCAGGGTGTCCAGATTTATCTCTTCCTCTTGTTGCTTCTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTACCTCATGACTGTGTTGGGAAACCTGCTGATATTCCTGGTGGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTTACCTCATGACTGTGTTGGGAAACCTGCTGATATTCCTGGTGGTCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGACTCCCGGCTTCACACACCCATGTACCACTTTGTCAGCATTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGACTCCCGGCTTCACACACCCATGTACCACTTTGTCAGCATTCTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCTCAGAGCTTGGCTATACAGCTGCCACCATCCCTAAGATGCTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTCTCAGAGCTTGGCTATACAGCTGCCACCATCCCTAAGATGCTGGCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTTGCTCAGTGAGAAAAAGACCATTTCATTCTCTGGGTGTCTCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACTTGCTCAGTGAGAAAAAGACCATTTCATTCTCTGGGTGTCTCCTGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCTATTTCTTTCACTCCCTTGGAGCGACTGAGTGCTATCTCCTGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCTATTTCTTTCACTCCCTTGGAGCGACTGAGTGCTATCTCCTGACAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TATGGCCTACGATAGGTATTTAGCCATCTGCCGGCCCCTCCACTACCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TATGGCCTACGATAGGTATTTAGCCATCTGCCGGCCCCTCCACTACCCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCCTCATGACCCCAACACTTTGTGCAGAGATTGCCATTGGCTGTTGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCCTCATGACCCCAACACTTTGTGCAGAGATTGCCATTGGCTGTTGGTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGAGGCTTGGCTGGGCCAGTAGTTGAAATTTCCTTGATTTCACGCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGAGGCTTGGCTGGGCCAGTAGTTGAAATTTCCTTGATTTCACGCCTCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ATTCTGTGGCCCCAATCGCATTCAGCACGTCTTTTGTGACTTCCCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ATTCTGTGGCCCCAATCGCATTCAGCACGTCTTTTGTGACTTCCCTCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGCTGAGTTTGGCTTGCACTGATACGTCTATAAATGTCCTAGTAGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGCTGAGTTTGGCTTGCACTGATACGTCTATAAATGTCCTAGTAGATTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTTATAAATTCCTGCAAGATCCTAGCCACCTTCCTGCTGATCCTCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTTATAAATTCCTGCAAGATCCTAGCCACCTTCCTGCTGATCCTCTGCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTATGTGCAGATCATCTGCACAGTGCTCAGAATTCCCTCAGCTGCCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTATGTGCAGATCATCTGCACAGTGCTCAGAATTCCCTCAGCTGCCGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGAGGAAGGCCATCTCCACGTGTGCCTCCCACTTCACTGTGGTTCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGAGGAAGGCCATCTCCACGTGTGCCTCCCACTTCACTGTGGTTCTCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCTATGGGAGCATCCTTTCCATGTATGTGCAGCTGAAGAAGAGCTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCTATGGGAGCATCCTTTCCATGTATGTGCAGCTGAAGAAGAGCTACTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ACTGGACTATGACCAGGCCCTGGCAGTGGTCTACTCAGTGCTCACACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ACTGGACTATGACCAGGCCCTGGCAGTGGTCTACTCAGTGCTCACACCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCCTCAACCCCTTCATCTACAGCTTGCGCAACAAGGAGATCAAGGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCCTCAACCCCTTCATCTACAGCTTGCGCAACAAGGAGATCAAGGAGGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 GTGAGGAGGCAGCTAAAGAGAATTGGGATATTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GTGAGGAGGCAGCTAAAGAGAATTGGGATATTGGCA