seq1 = pF1KE5950.tfa, 936 bp
seq2 = pF1KE5950/gi568815587f_5784293.tfa (gi568815587f:5784293_5985228), 200936 bp

>pF1KE5950 936
>gi568815587f:5784293_5985228 (Chr11)

1-936  (100001-100936)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTTCTATCAATGACACCCACTTCTATCCCCCCTTCTTCCTCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTTCTATCAATGACACCCACTTCTATCCCCCCTTCTTCCTCCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGAATACCAGGACTGGACACTTTACATATCTGGATTTCTTTCCCATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGAATACCAGGACTGGACACTTTACATATCTGGATTTCTTTCCCATTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTATTGTGTACCTGATTGCCATTGTGGGGAATATGACCATTCTCTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTATTGTGTACCTGATTGCCATTGTGGGGAATATGACCATTCTCTTTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCAAAACTGAACATAGTCTACACCAGCCCATGTTCTACTTCCTGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCAAAACTGAACATAGTCTACACCAGCCCATGTTCTACTTCCTGGCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTTGTCTATGATTGATCTGGGTCTGTCCACATCCACTATCCCCAAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTTGTCTATGATTGATCTGGGTCTGTCCACATCCACTATCCCCAAAATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAGGAATCTTCTGGTTCAACCTCCAAGAGATCAGCTTTGGGGGATGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TAGGAATCTTCTGGTTCAACCTCCAAGAGATCAGCTTTGGGGGATGCCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTTCAGATGTTCTTTATTCACATGTTTACAGGCATGGAGACTGTTCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTTCAGATGTTCTTTATTCACATGTTTACAGGCATGGAGACTGTTCTGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGTGGTCATGGCTTATGACCGCTTTGTTGCCATCTGCAACCCTCTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGTGGTCATGGCTTATGACCGCTTTGTTGCCATCTGCAACCCTCTCCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACACCATGATCCTCACCAATAAAACCATCAGTATCCTAGCTTCTGTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACACCATGATCCTCACCAATAAAACCATCAGTATCCTAGCTTCTGTGGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTTGGAAGAAATTTAGTTCTTGTAACCCCATTTGTGTTTCTCATTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100451 GTTGGAAGAAATTTAGTTCTTGTAACCCCATTTGTGTTTCTCATTCTGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCTGCCATTCTGTGGGCATAACATCATACCTCACACATACTGTGAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100501 TCTGCCATTCTGTGGGCATAACATCGTACCTCACACATACTGTGAGCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGGTCTGGCCGGGTTGGCCTGTGCACCCATTAAGATCAACATAATCTAT
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GGGGTCTGGCCGGGTTGGCCTGTGCACCCATTAAGATCAACATAATCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGGCTCATGGTGATTTCTTATATTATTGTGGATGTGATCTTAATTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGGCTCATGGTGATTTCTTATATTATTGTGGATGTGATCTTAATTGCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTCCTATGTGCTTATCCTTCGAGCTGTTTTTCACCTTCCCTCTCAAGATG
        ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
 100651 TTCCTATGTGCTTATCCTTAGAGCTGTTTTTCGCCTTCCCTCTCAAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCCGACTAAAGGCCTTCAATACCTGTGGTTCTCATGTCTGTGTTATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCCGACTAAAGGCCTTCAATACCTGTGGTTCTCATGTCTGTGTTATGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TGCTTTTACACACCAGCATTTTTTTCTTTTATGACACATCGTTTTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TGCTTTTACACACCAGCATTTTTTTCTTTTATGACACATCGTTTTGGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AAACATTCCCCACTATATCCATATTCTTTTGGCTAACCTGTATGTGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AAACATTCCCCACTATATCCATATTCTTTTGGCTAACCTGTATGTGGTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCCCACCTGCCCTTAACCCTGTCATTTATGGAGTCAGGACCAAGCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCCCACCTGCCCTTAACCCTGTCATTTATGGAGTCAGGACCAAGCAGATC

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 CGAGAGCAAATTGTGAAAATATTTGTACAGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CGAGAGCAAATTGTGAAAATATTTGTACAGAAAGAA