seq1 = pF1KE5945.tfa, 936 bp
seq2 = pF1KE5945/gi568815587f_56022373.tfa (gi568815587f:56022373_56223308), 200936 bp

>pF1KE5945 936
>gi568815587f:56022373_56223308 (Chr11)

1-936  (100001-100936)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGGTAGAAGGAATGACACAAATGTGGCTGACTTCATCCTTATGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100001 ATGATGGGTAGAAGGAATGACACAAATGTGGCTGACTTCATCCTTACGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTGTCAGACTCTGAAGAGGTCCAGATGGCTCTGTTTATGCTATTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTGTCAGACTCTGAAGAGGTCCAGATGGCTCTGTTTATGCTATTTCTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCATATACCTAATTACTATGCTGGGGAATGTGGGGATGCTATTGATAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCATATACCTAATTACTATGCTGGGGAATGTGGGGATGCTATTGATAATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCCTGGACCTCCAGCTTCACACTCCCATGTATTTTTTCCTTACTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCCTGGACCTCCAGCTTCACACTCCCATGTATTTTTTCCTTACTCACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTCATTTATTGACCTCAGTTACTCAACTGTCGTCACACCTAAAACCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTCATTTATTGACCTCAGTTACTCAACTGTCGTCACACCTAAAACCTTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGAACTTACTGACTTCCAACTATATTTCCTTCACGGGCTGCTTTGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGAACTTACTGACTTCCAACTATATTTCCTTCACGGGCTGCTTTGCCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGTTCTGTTTTGTCTTCTTGGGTACTGCTGAATGTTATCTTCTCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATGTTCTGTTTTGTCTTCTTGGGTACTGCTGAATGTTATCTTCTCTCCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AATGGCCTATGATCGCTATGCAGCGATCTGCAGTCCTCTACACTACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AATGGCCTATGATCGCTATGCAGCGATCTGCAGTCCTCTACACTACACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTATTATGTCCAAAAGGCTCTGCCTCGCTCTCATCACTGGGCCTTATGTG
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTATTATGCCCAAAAGGCTCTGCCTCGCTCTCATCACTGGGCCTTATGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATTGGCTTTATGGACTCCTTTGTCAATGTGGTTTCCATGAGCAGATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATTGGCTTTATGGACTCCTTTGTCAATGTGGTTTCCATGAGCAGATTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTTCTGTGACTCAAACATAATTCATCACTTTTTCTGTGACACTTCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTTCTGTGACTCAAACATAATTCATCACTTTTTCTGTGACACTTCCCCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTTTAGCTCTGTCCTGCACTGACACAGACAACACTGAAATGCTGATATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTTTAGCTCTGTCCTGCACTGACACAGACAACACTGAAATGCTGATATTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATTATCGCTGGTTCCACCCTGATGGTGTCCCTTATCACAATATCTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATTATCGCTGGTTCCACCCTGATGGTGTCCCTTATCACAATATCTGCATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTATGTGTCCATTCTCTCTACCATCCTGAAAATTAATTCCACTTCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTATGTGTCCATTCTCTCTACCATCCTGAAAATTAATTCCACTTCAGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGCAGAAAGCTTTCTCTACTTGCGTCTCTCATCTCTTGGGAGTCACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGCAGAAAGCTTTCTCTACTTGCGTCTCTCATCTCTTGGGAGTCACCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCTATGGAACTATGATTTTTACTTACTTAAAGCCAAGAAAGTCTTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCTATGGAACTATGATTTTTACTTACTTAAAGCCAAGAAAGTCTTATTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTTGGGAAGAGATCAAGTGGCTCCTGTGTTTTATACTATTGTGATTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTTGGGAAGAGATCAAGTGGCTCCTGTGTTTTATACTATTGTGATTCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCTGAATCCACTCATTTATAGTCTTAGAAACAGAGAAGTGAAAAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCTGAATCCACTCATTTATAGTCTTAGAAACAGAGAAGTGAAAAATGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 CTCATTAGAGTCATGCAGAGAAGACAGGACTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTCATTAGAGTCATGCAGAGAAGACAGGACTCCAGG