seq1 = pF1KE5941.tfa, 936 bp
seq2 = pF1KE5941/gi568815582f_3104247.tfa (gi568815582f:3104247_3305182), 200936 bp

>pF1KE5941 936
>gi568815582f:3104247_3305182 (Chr16)

1-936  (100001-100936)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGGGACAAACCAGTCGAGTGTCTCCGAGTTCCTCCTCCTGGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCGGGACAAACCAGTCGAGTGTCTCCGAGTTCCTCCTCCTGGGACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCAGGCAGCCCCAGCAGCAGCATCTCCTCTTTGTGTTCTTCCTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCAGGCAGCCCCAGCAGCAGCATCTCCTCTTTGTGTTCTTCCTCAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTACCTGGCCACTGTCCTGGGGAACCTGCTCATCATCCTGTCCGTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTACCTGGCCACTGTCCTGGGGAACCTGCTCATCATCCTGTCCGTAAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATAGACTCCTGCCTGCACACCCCCATGTACTTCTTCCTCAGCAACCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATAGACTCCTGCCTGCACACCCCCATGTACTTCTTCCTCAGCAACCTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTTGTGGACATCTGCTTCTCCTTCACCACCGTCCCCAAGATGCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTTGTGGACATCTGCTTCTCCTTCACCACCGTCCCCAAGATGCTGGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATCACATACTCGAGACTCAGACCATCTCCTTCTGTGGCTGTCTCACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATCACATACTCGAGACTCAGACCATCTCCTTCTGTGGCTGTCTCACACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGTATTTCGTTTTCATGTTCGTGGACATGGACAATTTCCTCCTAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATGTATTTCGTTTTCATGTTCGTGGACATGGACAATTTCCTCCTAGCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGGCCTATGACCACTTTGTCGCCGTGTGCCACCCCTTACATTACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGGCCTATGACCACTTTGTCGCCGTGTGCCACCCCTTACATTACACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAAAGATGACCCATCAGCTCTGTGCCCTGCTGGTTGCTGGATTATGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAAAGATGACCCATCAGCTCTGTGCCCTGCTGGTTGCTGGATTATGGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTTGCCAACCTGAATGTCCTTCTGCACACCCTGCTGATGGCTCCACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTTGCCAACCTGAATGTCCTTCTGCACACCCTGCTGATGGCTCCACTCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ATTCTGTGCAGACAATGCCATCACTCACTTCTTCTGCGATGTGACTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ATTCTGTGCAGACAATGCCATCACTCACTTCTTCTGCGATGTGACTCCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TACTGAAACTCTCCTGCTCAGACACACACCTCAATGAGGTCATAATCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TACTGAAACTCTCCTGCTCAGACACACACCTCAATGAGGTCATAATCCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGTGAGGGTGCCCTGGTCATGATCACCCCATTTCTTTGCATCCTGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGTGAGGGTGCCCTGGTCATGATCACCCCATTTCTTTGCATCCTGGCTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTATATGCACATCACCTGCACTGTCCTGAAGGTCCCATCCACAAAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTATATGCACATCACCTGCACTGTCCTGAAGGTCCCATCCACAAAGGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGTGGAAAGCCTTCTCCACCTGTGGTTCTCACCTGGCTGTGGTTCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGTGGAAAGCCTTCTCCACCTGTGGTTCTCACCTGGCTGTGGTTCTCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCTACAGCACCATCATTGCTGTGTATTTTAACCCTCTGTCCTCCCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCTACAGCACCATCATTGCTGTGTATTTTAACCCTCTGTCCTCCCACTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGCTGAGAAAGACACTATGGCTACTGTGTTGTATACAGTAGTGACTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGCTGAGAAAGACACTATGGCTACTGTGTTGTATACAGTAGTGACTCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCTAAACCCTTTCATCTACAGCCTGAGGAACAGGTACTTGAAAGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCTAAACCCTTTCATCTACAGCCTGAGGAACAGGTACTTGAAAGGGGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 CTGAAAAAAGTAGTTGGCAGGGTGGTGTTTTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGAAAAAAGTAGTTGGCAGGGTGGTGTTTTCTGTC