seq1 = pF1KE5940.tfa, 936 bp
seq2 = pF1KE5940/gi568815587r_5242589.tfa (gi568815587r:5242589_5443524), 200936 bp

>pF1KE5940 936
>gi568815587r:5242589_5443524 (Chr11)

(complement)

1-936  (100001-100936)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGTCCAGCGGCAGCTCCCATCCCTTCCTATTGACTGGTTTTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGTCCAGCGGCAGCTCCCATCCCTTCCTATTGACTGGTTTTCCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTGGAGGAAGCTCATCACTGGATTTCCGTATTTTTCTTGTTCATGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTGGAGGAAGCTCATCACTGGATTTCCGTATTTTTCTTGTTCATGTATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TATCCATCCTTTTTGGCAATGGCACCCTCCTTCTTCTCATTAAGGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TATCCATCCTTTTTGGCAATGGCACCCTCCTTCTTCTCATTAAGGAAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACAATCTTCATGAGCCCATGTACTTCTTTCTGGCCATGCTGGCTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CACAATCTTCATGAGCCCATGTACTTCTTTCTGGCCATGCTGGCTGCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGACCTGGGGCTGGCCCTGACCACAATGCCCACGGTGCTGGGAGTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGACCTGGGGCTGGCCCTGACCACAATGCCCACGGTGCTGGGAGTCCTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCTGGATCACAGGGAGATTGGAAGTGCGGCCTGCTTTTCCCAGGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCTGGATCACAGGGAGATTGGAAGTGCGGCCTGCTTTTCCCAGGCCTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTACACACTCACTTTCCTTTCTCGAGTCTGGCATTCTGCTTGCCATGGC
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTATACACTCACTTTCCTTTCTCGAGTCTGGCATTCTGCTTGCCATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTATGACCGTTTTATTGCCATCTGCAACCCTCTTAGATATACCTCTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTATGACCGTTTTATTGCCATCTGCAACCCTCTTAGATATACCTCTGTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTACTAATACTCGAGTAGTGAAGATTGGGCTGGGAGTTCTGATGAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTACTAATACTCGAGTAGTGAAGATTGGGCTGGGAGTTCTGATGAGGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTTGTATCCGTTGTTCCCCCAATCAGGCTCCTCTATTTTTTTCTGTATTG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 100451 TTTGTATCCGTTGTTCCCCCAATCAGGCCCCTCTATTTTTTTCTGTATTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCACTCCCATGTTCTTTCACATGCATTCTGCCTTCACCAGGATGTCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCACTCCCATGTTCTTTCACATGCATTCTGCCTTCACCAGGATGTCATTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AACTCGCCTGTGCTGATACCACCTTCAACCGACTGTACCCAGCTGTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AACTCGCCTGTGCTGATACCACCTTCAACCGACTGTACCCAGCTGTGCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTAGTCTTTATATTTGTGCTGGATTATCTGATTATCTTCATCTCCTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTAGTCTTTATATTTGTGCTGGATTATCTGATTATCTTCATCTCCTATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GTTGATACTCAAGACTGTCCTGAGCATTGCCTCCAGAGAGGAGAGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GTTGATACTCAAGACTGTCCTGAGCATTGCCTCCAGAGAGGAGAGGGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGCTCTCATTACCTGTGTCTCCCATATCTGCTGTGTCCTGGTTTTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGCTCTCATTACCTGTGTCTCCCATATCTGCTGTGTCCTGGTTTTTTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTCACAGTGATTGGATTGTCTCTGATTCATCGTTTTGGAAAGCAGGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTCACAGTGATTGGATTGTCTCTGATTCATCGTTTTGGAAAGCAGGTTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ACATATTGTTCACCTCATTATGAGCTATGCCTATTTTCTGTTCCCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ACATATTGTTCACCTCATTATGAGCTATGCCTATTTTCTGTTCCCTCCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TAATGAATCCTATAACATATAGTGTCAAGACCAAGCAGATTCAGAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TAATGAATCCTATAACATATAGTGTCAAGACCAAGCAGATTCAGAATGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 ATTCTTCACCTTTTTACTACCCATAGAATTGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATTCTTCACCTTTTTACTACCCATAGAATTGGAACC