seq1 = pF1KE5935.tfa, 933 bp
seq2 = pF1KE5935/gi568815587f_4946526.tfa (gi568815587f:4946526_5147458), 200933 bp

>pF1KE5935 933
>gi568815587f:4946526_5147458 (Chr11)

1-933  (100001-100933)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTTATCACAACAAGAGCATATTTCACCCAGTCACATTTTTCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTTTATCACAACAAGAGCATATTTCACCCAGTCACATTTTTCCTCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGAATCCCAGGTCTGGAAGACTTCCACATGTGGATCTCCGGGCCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGAATCCCAGGTCTGGAAGACTTCCACATGTGGATCTCCGGGCCTTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTCTGTTTACCTTGTGGCTTTGCTGGGCAATGCCACCATTCTGCTAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTCTGTTTACCTTGTGGCTTTGCTGGGCAATGCCACCATTCTGCTAGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCAAGGTAGAACAGACTCTCCGGGAGCCCATGTTCTACTTCCTGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCAAGGTAGAACAGACTCTCCGGGAGCCCATGTTCTACTTCCTGGCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCTTTCCACTATTGATTTGGCCCTTTCTACAACCTCTGTGCCTCGCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCTTTCCACTATTGATTTGGCCCTTTCTACAACCTCTGTGCCTCGCATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGGTATCTTCTGGTTTGATGCTCACGAGATTAACTATGGAGCTTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGGTATCTTCTGGTTTGATGCTCACGAGATTAACTATGGAGCTTGTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCCAGATGTTTCTGATCCATGCCTTCACTGGCATGGAGGCTGAGGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCCCAGATGTTTCTGATCCATGCCTTCACTGGCATGGAGGCTGAGGTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACTGGCTATGGCTTTTGACCGTTATGTGGCCGTCTGTGCTCCACTACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACTGGCTATGGCTTTTGACCGTTATGTGGCCGTCTGTGCTCCACTACATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACGCAACCATCTTGACATCCCAAGTGTTGGTGGGCATTAGCATGTGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACGCAACCATCTTGACATCCCAAGTGTTGGTGGGCATTAGCATGTGCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTAATTCGTCCCGTTTTACTTACACTTCCCATGGTCTATCTTATCTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTAATTCGTCCCGTTTTACTTACACTTCCCATGGTCTATCTTATCTACCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCTACCCTTTTGTCAGGCTCACATAATAGCCCATTCCTACTGTGAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCTACCCTTTTGTCAGGCTCACATAATAGCCCATTCCTACTGTGAGCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGGCATTGCAAAATTGTCCTGTGGAAACATTCGTATCAATGGTATCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGGCATTGCAAAATTGTCCTGTGGAAACATTCGTATCAATGGTATCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGGCTTTTTGTAGTTTCTTTCTTTGTTCTGAACCTGGTGCTCATTGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGGCTTTTTGTAGTTTCTTTCTTTGTTCTGAACCTGGTGCTCATTGGCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTCGTATGTTTACATTCTCCGTGCTGTCTTCCGCCTCCCATCACATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTCGTATGTTTACATTCTCCGTGCTGTCTTCCGCCTCCCATCACATGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTCAGCTAAAAGCCCTAAGCACGTGTGGCGCTCATGTTGGAGTCATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTCAGCTAAAAGCCCTAAGCACGTGTGGCGCTCATGTTGGAGTCATCTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTTTTCTATATCCCTTCAGTCTTCTCTTTCCTTACTCATCGATTTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTTTTCTATATCCCTTCAGTCTTCTCTTTCCTTACTCATCGATTTGGACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCAAATACCAGGTTACATTCACATTCTTGTTGCCAATCTCTATTTGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCAAATACCAGGTTACATTCACATTCTTGTTGCCAATCTCTATTTGATTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCCCACCCTCTCTCAACCCCATCATTTATGGGGTGAGGACCAAACAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCCCACCCTCTCTCAACCCCATCATTTATGGGGTGAGGACCAAACAGATT

    900     .    :    .    :    .    :
    901 CGAGAACGAGTGCTCTATGTTTTTACTAAAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CGAGAACGAGTGCTCTATGTTTTTACTAAAAAA