seq1 = pF1KE5934.tfa, 933 bp
seq2 = pF1KE5934/gi568815587f_55727219.tfa (gi568815587f:55727219_55928151), 200933 bp

>pF1KE5934 933
>gi568815587f:55727219_55928151 (Chr11)

1-933  (100001-100933)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCAAGGAAAACTGCACCACTGTGGCTGAGTTCATTCTCCTTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCAAGGAAAACTGCACCACTGTGGCTGAGTTCATTCTCCTTGGACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCAGATGTCCCTGAGTTGAGAGTCTGCCTCTTCCTGCTGTTCCTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCAGATGTCCCTGAGTTGAGAGTCTGCCTCTTCCTGCTGTTCCTTCTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTATGGAGTCACGTTGTTAGCCAATCTGGGCATGACTGCACTGATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTATGGAGTCACGTTGTTAGCCAATCTGGGCATGACTGCACTGATTCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCAGCTCTCGGCTCCACACCCCCGTGTACTTTTTCCTCAGCCACTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCAGCTCTCGGCTCCACACCCCCGTGTACTTTTTCCTCAGCCACTTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTTGTAGATTTCTGCTACTCCTCAATAATTGTGCCAAAGATGTTGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTTGTAGATTTCTGCTACTCCTCAATAATTGTGCCAAAGATGTTGGCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATATCTTTAACAAGGACAAAGCCATCTCCTTCCTAGGGTGCATGGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATATCTTTAACAAGGACAAAGCCATCTCCTTCCTAGGGTGCATGGTGCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCTACTTGTTTTGCACATGTGGAGTCACTGAGGTCTTCCTGCTGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCTACTTGTTTTGCACATGTGGAGTCACTGAGGTCTTCCTGCTGGCCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGGCCTATGACCGCTTTGTGGCCATCTGTAACCCCCTGCTGTACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGGCCTATGACCGCTTTGTGGCCATCTGTAACCCCCTGCTGTACATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGACCATGTCTCAGAAGCTGCGTGTGGAGCTGACCTCTTGCTGCTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGACCATGTCTCAGAAGCTGCGTGTGGAGCTGACCTCTTGCTGCTACTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGTGGGACGGTGTGTTCTCTGATTCACTCGTCCTTAGCTCTTAGGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGTGGGACGGTGTGTTCTCTGATTCACTCGTCCTTAGCTCTTAGGATCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCTATAGATCTAATGTGATTAACCACTTCTTCTGTGATCTACCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTCTATAGATCTAATGTGATTAACCACTTCTTCTGTGATCTACCCCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCCTAAGTCTTGCTTGCTCTGATGTCACTGTGAATGAGACACTGCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCCTAAGTCTTGCTTGCTCTGATGTCACTGTGAATGAGACACTGCTGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGGTGGCCACTTTGAATGAGAGTGTTACCATCATGATCATCCTCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGGTGGCCACTTTGAATGAGAGTGTTACCATCATGATCATCCTCACCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTACCTGCTAATTCTCACCACTATCCTGAAGATACACTCTGCAGAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTACCTGCTAATTCTCACCACTATCCTGAAGATACACTCTGCAGAGAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGCACAAAGCTTTCTCCACCTGTGCCTCCCACCTCACAGCCATCACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGCACAAAGCTTTCTCCACCTGTGCCTCCCACCTCACAGCCATCACTGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCCCATGGAACAATCCTTTACATTTATTGCAGGCCGAGTTCAGGCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCCCATGGAACAATCCTTTACATTTATTGCAGGCCGAGTTCAGGCAACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGGAGATGTTGACAAAGTGGCCACCGTGTTCTACACAGTTGTGATTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGGAGATGTTGACAAAGTGGCCACCGTGTTCTACACAGTTGTGATTCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCTGAACCCCCTGATCTACAGCCTGAGAAATAAGGATGTGAACAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCTGAACCCCCTGATCTACAGCCTGAGAAATAAGGATGTGAACAAAGCT

    900     .    :    .    :    .    :
    901 CTCAGAAAAGTGATGGGCTCCAAAATTCACTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTCAGAAAAGTGATGGGCTCCAAAATTCACTCC