seq1 = pF1KE5933.tfa, 933 bp
seq2 = pF1KE5933/gi568815592f_29011891.tfa (gi568815592f:29011891_29212756), 200866 bp

>pF1KE5933 933
>gi568815592f:29011891_29212756 (Chr6)

1-933  (100001-100933)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGATGATGGAAAAGTCAATGCTAGCTCTGAGGGGTACTTTATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATGATGATGGAAAAGTCAATGCTAGCTCTGAGGGGTACTTTATTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTTGGATTTTCTAATTGGCCTCATCTGGAAGTAGTTATCTTTGTGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTTGGATTTTCTAATTGGCCTCATCTGGAAGTAGTTATCTTTGTGGTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTTGATCTTCTACTTGATGACACTGATAGGAAACCTGTTCATCATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTTGATCTTCTACTTGATGACACTGATAGGAAACCTGTTCATCATCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGTCATACCTGGACTCCCATCTGCACACACCAATGTACTTCTTCCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGTCATACCTGGACTCCCATCTGCACACACCAATGTACTTCTTCCTTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAACCTCTCATTTCTGGATCTCTGCTACACCACCAGCTCTATCCCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AAACCTCTCATTTCTGGATCTCTGCTACACCACCAGCTCTATCCCTCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCTGGTCAATCTCTGGGGCCCGGAAAAGACCATCTCTTATGCTGGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCTGGTCAATCTCTGGGGCCCGGAAAAGACCATCTCTTATGCTGGTTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGATTCAACTTTACTTTGTTCTCGCACTGGGAACCACAGAGTGTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATGATTCAACTTTACTTTGTTCTCGCACTGGGAACCACAGAGTGTGTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACTGGTGGTGATGTCCTATGACCGTTATGCAGCTGTGTGTAGACCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACTGGTGGTGATGTCCTATGACCGTTATGCAGCTGTGTGTAGACCTTTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATTACACTGTCCTCATGCACCCTCGTTTCTGCCACCTGCTGGCTGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATTACACTGTCCTCATGCACCCTCGTTTCTGCCACCTGCTGGCTGTGGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCTTGGGTAAGTGGTTTTACCAACTCAGCACTTCATTCCTCCTTCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCTTGGGTAAGTGGTTTTACCAACTCAGCACTTCATTCCTCCTTCACCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTGGGTACCTCTGTGTGGACACCGCCAAGTAGATCACTTTTTCTGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTGGGTACCTCTGTGTGGACACCGCCAAGTAGATCACTTTTTCTGTGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTCCAGCACTTCTGCGATTATCGTGTGTTGATACCCATGTCAATGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTCCAGCACTTCTGCGATTATCGTGTGTTGATACCCATGTCAATGAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACCCTCATGATCACAAGCTCCATATTTGTTCTCATACCTCTCATCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACCCTCATGATCACAAGCTCCATATTTGTTCTCATACCTCTCATCCTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TCTCACTTCTTATGGTGCCATCGTCCAAGCTGTACTGAGGATGCAGTCAA
        |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
 100651 TCTCACTTCTTATGGTGCCATCGTCCGAGCTATACTGAGGATGCAGTCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCACTGGGCTTCAGAAAGTGTTTGGAACATGTGGAGCTCATCTTATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCACTGGGCTTCAGAAAGTGTTTGGAACATGTGGAGCTCATCTTATGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTATCTCTCTTTTTCATTCCGGCCATGTGCATATATCTCCAGCCACCATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100751 GTATCTCTCTTTTTCATTCCGGCCATGTGCATGTATCTCCAGCCACCATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGGAAATTCTCAAGATCAAGGCAAGTTCATTGCCCTCTTTTATACTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGGAAATTCTCAAGATCAAGGCAAGTTCATTGCCCTCTTTTATACTGTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCACACCTAGTCTTAACCCTCTAATCTACACCCTCAGAAACAAAGTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCACACCTAGTCTTAACCCTCTAATCTACACCCTCAGAAACAAAGTTGTA

    900     .    :    .    :    .    :
    901 AGAGGGGCAGTGAAGAGACTAATGGGGTGGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AGAGGGGCAGTGAAGAGACTAATGGGGTGGGAA