seq1 = pF1KE5932.tfa, 933 bp
seq2 = pF1KE5932/gi568815587f_123923013.tfa (gi568815587f:123923013_124123945), 200933 bp

>pF1KE5932 933
>gi568815587f:123923013_124123945 (Chr11)

1-933  (100001-100933)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCAAGACCAGCCTCGTGACAGCGTTCATCCTCACGGGCCTTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCAAGACCAGCCTCGTGACAGCGTTCATCCTCACGGGCCTTCCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCCCAGGGCTGGACGCCCCACTCTTTGGAATCTTCCTGGTGGTTTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCCCAGGGCTGGACGCCCCACTCTTTGGAATCTTCCTGGTGGTTTACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTCACTGTGCTGGGGAACCTCCTCATCCTGCTGGTGATCAGGGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTCACTGTGCTGGGGAACCTCCTCATCCTGCTGGTGATCAGGGTGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCTCACCTCCACACCCCCATGTACTACTTCCTCACCAACCTGTCCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCTCACCTCCACACCCCCATGTACTACTTCCTCACCAACCTGTCCTTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGACATGTGGTTCTCCACTGTCACGGTGCCCAAAATGCTGATGACCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGACATGTGGTTCTCCACTGTCACGGTGCCCAAAATGCTGATGACCTTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTCCCCAAGCGGCAGGACTATCTCCTTCCACAGCTGCGTGGCTCAGCTC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGTCCCCAAGCGGCAGGGCTATCTCCTTCCACAGCTGCGTGGCTCAGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TATTTTTTCCACTTCCTGGGGAGCACCGAGTGTTTCCTCTACACAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TATTTTTTCCACTTCCTGGGGAGCACCGAGTGTTTCCTCTACACAGTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTCCTATGATCGCTACTTGGCCATCAGTTACCCGCTCAGGTACACCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100351 GTCCTATGATCGCTACTTGGCCATCAGTTACCCGCTCAGGTACACCAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGATGAGTGGGAGCAGGTGTGCCCTCCTGGCCACCAGCACTTGGCTCAGT
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGATGAGTGGGAGCAGATGTGCCCTCCTGGCCACCAGCACTTGGCTCAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCTCTCTGCACTCTGCTGTCCAGACCATATTGACTTTCCATTTGCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCTCTCTGCACTCTGCTGTCCAGACCATATTGACTTTCCATTTGCCCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTGTGGACCCAACCAGATCCAGCACTATTTGTGTGATGCACCGCCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTGTGGACCCAACCAGATCCAGCACTATTTGTGTGATGCACCGCCCATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGAAACTGGCCTGTGCAGACACCTCAGCCAACGAGATGGTCATCTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGAAACTGGCCTGTGCAGACACCTCAGCCAACGAGATGGTCATCTTTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GACATTGGGCTAGTGGCCTCGGGCTGCTTTCTCCTGATAGTGCTGTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GACATTGGGCTAGTGGCCTCGGGCTGCTTTCTCCTGATAGTGCTGTCTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGTGTCCATCGTCTGTTCCATCCTGCGGATCCACACCTCAGAGGGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGTGTCCATCGTCTGTTCCATCCTGCGGATCCACACCTCAGAGGGGAGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACAGAGCCTTTCAGACCTGTGCCTCCCACTGCATCGTGGTCCTTTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACAGAGCCTTTCAGACCTGTGCCTCCCACTGCATCGTGGTCCTTTGCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTGTTCCCTGTGTTTTCATTTACCTGAGACCAGGCTCCAGGGACGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTTGTTCCCTGTGTTTTCATTTACCTGAGACCAGGCTCCAGGGACGTCGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGATGGAGTTGTGGCCATTTTCTACACTGTGCTGACACCCCTTCTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGATGGAGTTGTGGCCATTTTCTACACTGTGCTGACACCCCTTCTCAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTGTTGTGTACACCCTGAGAAACAAGGAGGTGAAGAAAGCTGTGTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTGTTGTGTACACCCTGAGAAACAAGGAGGTGAAGAAAGCTGTGTTGAAA

    900     .    :    .    :    .    :
    901 CTGAGAGACAAAGTAGCACATTCTCAGGGAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGAGAGACAAAGTAGCACATTCTCAGGGAGAA