seq1 = pF1KE5928.tfa, 933 bp
seq2 = pF1KE5928/gi568815587f_123915575.tfa (gi568815587f:123915575_124116507), 200933 bp

>pF1KE5928 933
>gi568815587f:123915575_124116507 (Chr11)

1-933  (100001-100933)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCAACGCCAGCCTCGTGACAGTGTTCATCCTCACAGGCCTTCCCCA
        |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCAACGCCAGCCTCGTGACAGCATTCATCCTCACAGGCCTTCCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCCCAGGGCTGGACGCCCTCCTCTTTGGAATCTTCCTGGTGGTTTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCCCAGGGCTGGACGCCCTCCTCTTTGGAATCTTCCTGGTGGTTTACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTCACTGTGCTGGGGAACCTCCTCATCCTGCTGGTGATCAGGGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTCACTGTGCTGGGGAACCTCCTCATCCTGCTGGTGATCAGGGTGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCTCACCTCCACACCCCCATGTACTACTTCCTCACCAACCTGTCCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCTCACCTCCACACCCCCATGTACTACTTCCTCACCAACCTGTCCTTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGACATGTGGTTCTCCACTGTCACGGTGCCCAAAATGCTGATGACCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGACATGTGGTTCTCCACTGTCACGGTGCCCAAAATGCTGATGACCTTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTCCCCAAGCGGCAGGGCTATCTCCTTCCACAGCTGCGTGGCTCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGTCCCCAAGCGGCAGGGCTATCTCCTTCCACAGCTGCGTGGCTCAGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TATTTTTTCCACTTCCTGGGGAGCACCGAGTGTTTCCTCTACACAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TATTTTTTCCACTTCCTGGGGAGCACCGAGTGTTTCCTCTACACAGTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTCCTATGATCGCTACTTGGCCATCAGTTACCCGCTCAGGTACACCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100351 GTCCTATGATCGCTACTTGGCCATCAGTTACCCGCTCAGGTACACCAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGATGAGTGGGAGCAGGTGTGCCCTCCTGGCCACCGGCACTTGGCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGATGAGTGGGAGCAGGTGTGCCCTCCTGGCCACCGGCACTTGGCTCAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCTCTCTGCACTCTGCTGTCCAGACCATATTGACTTTCCATTTGCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCTCTCTGCACTCTGCTGTCCAGACCATATTGACTTTCCATTTGCCCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTGTGGACCCAACCAGATCCAGCACTACTTCTGTGACGCACCGCCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTGTGGACCCAACCAGATCCAGCACTACTTCTGTGACGCACCGCCCATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGAAACTGGCCTGTGCAGACACCTCAGCCAACGAGATGGTCATCTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100551 TGAAACTGGCCTGTGCAGACACCTCAGCCAACGTGATGGTCATCTTTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GACATTGGGATAGTGGCCTCAGGCTGCTTTGTCCTGATAGTGCTGTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GACATTGGGATAGTGGCCTCAGGCTGCTTTGTCCTGATAGTGCTGTCCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGTGTCCATCGTCTGTTCCATCCTGCGGATCCGCACCTCAGATGGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGTGTCCATCGTCTGTTCCATCCTGCGGATCCGCACCTCAGATGGGAGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCGGAGCCTTTCAGACCTGTGCCTCCCACTGTATTGTGGTCCTTTGCTTC
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCAGAGCCTTTCAGACCTGTGCCTCCCACTGTATTGTGGTCCTTTGCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTGTTCCCTGTGTTGTCATTTATCTGAGGCCAGGCTCCATGGATGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTTGTTCCCTGTGTTGTCATTTATCTGAGGCCAGGCTCCATGGATGCCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGATGGAGTTGTGGCCATTTTCTACACTGTGCTGACGCCCCTTCTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGATGGAGTTGTGGCCATTTTCTACACTGTGCTGACGCCCCTTCTCAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTGTTGTGTACACCCTGAGAAACAAGGAGGTGCAGAAAGCTGTGTTGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100851 CTGTTGTGTACACCCTGAGAAACAAGGAGGTGAAGAAAGCTGTGTTGAAA

    900     .    :    .    :    .    :
    901 CTGAGAGACAAAGTAGCACATCCTCAGAGGAAA
        || ||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTTAGAGACAAAGTAGCACATCCTCAGAGGAAA